More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0029 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  83.11 
 
 		 380 aa  634    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  87.63 
 
 		 380 aa  689    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 380 aa  782    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  86.84 
 
 		 380 aa  665    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  84.21 
 
 		 380 aa  662    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  77.89 
 
 		 379 aa  595  1e-169  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  74.74 
 
 		 379 aa  580  1e-164  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  43.21 
 
 		 446 aa  296  3e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  42.72 
 
 		 446 aa  291  1e-77  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  42.08 
 
 		 446 aa  289  5.0000000000000004e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  40.45 
 
 		 406 aa  283  3.0000000000000004e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  41.23 
 
 		 455 aa  283  4.0000000000000003e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  40.85 
 
 		 418 aa  282  7.000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.23 
 
 		 468 aa  282  8.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  41.03 
 
 		 452 aa  282  8.000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  39.9 
 
 		 457 aa  281  1e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  39.9 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  39.9 
 
 		 405 aa  276  3e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  39.05 
 
 		 405 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  39.51 
 
 		 407 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  39.01 
 
 		 406 aa  270  4e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.84 
 
 		 449 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  38.87 
 
 		 406 aa  265  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  37.4 
 
 		 406 aa  259  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.31 
 
 		 445 aa  259  4e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  41.52 
 
 		 463 aa  256  4e-67  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  40.2 
 
 		 462 aa  256  5e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  40.58 
 
 		 443 aa  249  6e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.58 
 
 		 443 aa  249  6e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  36.95 
 
 		 421 aa  245  8e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 		 400 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  38.78 
 
 		 394 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  38.78 
 
 		 394 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  40.31 
 
 		 394 aa  239  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  38.75 
 
 		 402 aa  236  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  38.76 
 
 		 393 aa  232  8.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  39.54 
 
 		 394 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  38.05 
 
 		 405 aa  231  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 		 400 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  37.03 
 
 		 403 aa  229  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  36.36 
 
 		 408 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  35.93 
 
 		 397 aa  223  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  37.08 
 
 		 399 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  34.86 
 
 		 400 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  35.44 
 
 		 397 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  35.16 
 
 		 397 aa  219  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  36.46 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  36.46 
 
 		 413 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  35.52 
 
 		 330 aa  196  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 		 378 aa  135  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.94 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  30.9 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  29.35 
 
 		 387 aa  117  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  31.88 
 
 		 384 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 390 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  31.33 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  30.03 
 
 		 423 aa  106  6e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  32.12 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.65 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  30.55 
 
 		 368 aa  103  6e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.38 
 
 		 391 aa  102  8e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  28.31 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 		 363 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  27.73 
 
 		 360 aa  100  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  25.57 
 
 		 425 aa  99.8  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.75 
 
 		 403 aa  98.2  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0714  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 		 386 aa  98.2  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  27.2 
 
 		 398 aa  97.8  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  29.66 
 
 		 392 aa  97.1  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  30.33 
 
 		 424 aa  97.4  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.83 
 
 		 389 aa  95.5  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  27.67 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  30.2 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  27.87 
 
 		 379 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  29.19 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  29.85 
 
 		 395 aa  94.7  3e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  27.42 
 
 		 387 aa  94  4e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  27.17 
 
 		 396 aa  93.6  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  29.34 
 
 		 356 aa  93.2  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 398 aa  91.7  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  26.81 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  26.15 
 
 		 399 aa  90.5  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  27.84 
 
 		 374 aa  90.1  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  26.29 
 
 		 418 aa  90.1  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  25.75 
 
 		 376 aa  89.4  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  25.67 
 
 		 362 aa  88.6  2e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.54 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 		 445 aa  87.4  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  26.46 
 
 		 396 aa  87.4  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  29.79 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  25.27 
 
 		 413 aa  86.7  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_677  hypothetical protein  24.18 
 
 		 379 aa  86.3  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.545095  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  26.84 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  27.01 
 
 		 408 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  27.14 
 
 		 431 aa  85.1  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  28.12 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0962  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>