More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4822 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  91.44 
 
 		 397 aa  687    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  98.99 
 
 		 397 aa  784    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 397 aa  794    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  80.21 
 
 		 408 aa  588  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  76.57 
 
 		 402 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  66.33 
 
 		 400 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  65.31 
 
 		 400 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  66.24 
 
 		 401 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  67.17 
 
 		 403 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  67.69 
 
 		 399 aa  490  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  67.61 
 
 		 400 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  62.72 
 
 		 405 aa  461  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  60.26 
 
 		 394 aa  455  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  59.23 
 
 		 394 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  59.23 
 
 		 394 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  59.74 
 
 		 394 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  58.1 
 
 		 393 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  63.69 
 
 		 330 aa  413  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  56.89 
 
 		 413 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  37.95 
 
 		 379 aa  253  5.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  37.9 
 
 		 455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  38.08 
 
 		 380 aa  243  3e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  36.99 
 
 		 380 aa  242  7.999999999999999e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  36.41 
 
 		 380 aa  240  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  36.92 
 
 		 380 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  37.69 
 
 		 379 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  37.04 
 
 		 452 aa  239  6.999999999999999e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  36.41 
 
 		 380 aa  232  7.000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.64 
 
 		 446 aa  230  4e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.4 
 
 		 446 aa  229  8e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.56 
 
 		 446 aa  227  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  37.81 
 
 		 457 aa  228  2e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  37.38 
 
 		 405 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  37.38 
 
 		 405 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  37.38 
 
 		 405 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  36.75 
 
 		 406 aa  226  7e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  36.97 
 
 		 407 aa  224  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.78 
 
 		 468 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.22 
 
 		 449 aa  222  7e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  36 
 
 		 418 aa  219  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  36.57 
 
 		 406 aa  219  6e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.81 
 
 		 445 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.81 
 
 		 443 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  35.81 
 
 		 443 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  34.11 
 
 		 462 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  34.58 
 
 		 406 aa  192  8e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  34.09 
 
 		 421 aa  189  5.999999999999999e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  33.78 
 
 		 406 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  31.58 
 
 		 463 aa  179  7e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  30.77 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.12 
 
 		 387 aa  112  9e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  28.9 
 
 		 390 aa  111  3e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.57 
 
 		 396 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  34.23 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  35.74 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 		 390 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  32.23 
 
 		 403 aa  100  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  30.93 
 
 		 396 aa  100  7e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  27.95 
 
 		 391 aa  99  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 		 341 aa  98.6  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  28.11 
 
 		 387 aa  98.6  2e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  29.49 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  29.87 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.88 
 
 		 406 aa  97.4  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  34.18 
 
 		 384 aa  97.1  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.04 
 
 		 389 aa  96.3  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  32.12 
 
 		 362 aa  95.5  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.92 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 408 aa  93.6  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  32.91 
 
 		 360 aa  93.2  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  31.17 
 
 		 413 aa  92  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  29.9 
 
 		 374 aa  91.3  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  32.77 
 
 		 424 aa  90.9  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  35.39 
 
 		 383 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  25.41 
 
 		 378 aa  90.9  4e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 		 370 aa  90.9  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  25.37 
 
 		 382 aa  90.5  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  30.17 
 
 		 393 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  31.75 
 
 		 384 aa  89.7  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  32.71 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  28.87 
 
 		 398 aa  89.4  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  33.23 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  30.55 
 
 		 425 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  32.39 
 
 		 418 aa  88.2  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.78 
 
 		 368 aa  87.4  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  29.33 
 
 		 393 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  27.94 
 
 		 399 aa  86.3  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0539  geranylgeranyl reductase  23.77 
 
 		 391 aa  86.3  9e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  25.65 
 
 		 376 aa  85.5  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1447  geranylgeranyl reductase  23.46 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  34.27 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  28.99 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  28.79 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  33.62 
 
 		 423 aa  84.3  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  30.67 
 
 		 407 aa  84  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  31.94 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  32.02 
 
 		 381 aa  83.6  0.000000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  29.28 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  27.76 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0365  geranylgeranyl reductase  25.24 
 
 		 386 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.230405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>