More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6424 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 403 aa  821    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  71.68 
 
 		 400 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  69.27 
 
 		 400 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  68.01 
 
 		 400 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  69.35 
 
 		 401 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  66.84 
 
 		 399 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  65.68 
 
 		 405 aa  497  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  68.18 
 
 		 397 aa  489  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  67.59 
 
 		 402 aa  490  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  66.22 
 
 		 408 aa  484  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  67.42 
 
 		 397 aa  476  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  67.17 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  60.36 
 
 		 394 aa  466  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  58.72 
 
 		 394 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  58.72 
 
 		 394 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  59.95 
 
 		 393 aa  454  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  58.97 
 
 		 394 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  63.03 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  55.37 
 
 		 413 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  38.14 
 
 		 380 aa  242  9e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  37.28 
 
 		 379 aa  237  3e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 		 380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 		 380 aa  233  5e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  35.56 
 
 		 455 aa  231  1e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  37.6 
 
 		 380 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  36.3 
 
 		 457 aa  229  5e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  37.25 
 
 		 407 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  37.37 
 
 		 379 aa  228  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  36.09 
 
 		 405 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  35.24 
 
 		 452 aa  227  3e-58  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  35.93 
 
 		 405 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  36 
 
 		 405 aa  226  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.11 
 
 		 380 aa  226  7e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  35.41 
 
 		 406 aa  224  2e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.96 
 
 		 445 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  35.82 
 
 		 406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.9 
 
 		 468 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.01 
 
 		 446 aa  219  5e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  33.58 
 
 		 446 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.01 
 
 		 446 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  33.67 
 
 		 418 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.59 
 
 		 449 aa  215  9e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  34.96 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.96 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  33.85 
 
 		 462 aa  200  3e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  33.84 
 
 		 406 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  33.5 
 
 		 421 aa  189  7e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  32.49 
 
 		 406 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  30.57 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  32.43 
 
 		 378 aa  113  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.76 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.31 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.08 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.42 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.59 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  32.28 
 
 		 413 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.49 
 
 		 370 aa  94.4  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.2 
 
 		 368 aa  94  4e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  28.99 
 
 		 376 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  29.49 
 
 		 403 aa  90.9  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  26.87 
 
 		 384 aa  91.3  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  31.69 
 
 		 384 aa  90.1  6e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  29.1 
 
 		 341 aa  89.7  8e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.13 
 
 		 395 aa  89.7  9e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  29.1 
 
 		 356 aa  87.8  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  26.13 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  28.01 
 
 		 390 aa  87.4  4e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.74 
 
 		 368 aa  86.7  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.43 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  30.9 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  28.25 
 
 		 374 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  31.37 
 
 		 430 aa  84  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  30.77 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  27.51 
 
 		 396 aa  83.2  0.000000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  31.32 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.54 
 
 		 385 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  26.69 
 
 		 387 aa  82.8  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  31.86 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  29.73 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  26.53 
 
 		 398 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  27.22 
 
 		 406 aa  80.9  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  29.32 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  29.19 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 		 425 aa  80.1  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 379 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  30.77 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 		 399 aa  79.7  0.00000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  27.98 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  25 
 
 		 378 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.12 
 
 		 424 aa  79  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  26.41 
 
 		 390 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  30.32 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 393 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  21.88 
 
 		 396 aa  77.8  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  28.01 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  29.1 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 		 398 aa  76.3  0.0000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>