More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3712 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 402 aa  801    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  78.96 
 
 		 397 aa  564  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  77.87 
 
 		 397 aa  567  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  78.42 
 
 		 397 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  75.66 
 
 		 408 aa  543  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  65.66 
 
 		 400 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  66.41 
 
 		 400 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  67.47 
 
 		 400 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  67.59 
 
 		 403 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  65.99 
 
 		 401 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  66.58 
 
 		 399 aa  483  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  62.5 
 
 		 405 aa  471  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  59.21 
 
 		 394 aa  463  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  57.73 
 
 		 394 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  57.73 
 
 		 394 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  57.73 
 
 		 394 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  56.58 
 
 		 393 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  65.55 
 
 		 330 aa  422  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  58.19 
 
 		 413 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  39.64 
 
 		 380 aa  252  8.000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  39.64 
 
 		 380 aa  252  1e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  39.02 
 
 		 380 aa  251  1e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  38.34 
 
 		 379 aa  247  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  39.53 
 
 		 380 aa  244  3e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  38.56 
 
 		 379 aa  243  6e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  36.21 
 
 		 455 aa  241  1e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  38.65 
 
 		 457 aa  241  2e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  39.02 
 
 		 380 aa  239  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  37 
 
 		 406 aa  238  1e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  37.16 
 
 		 405 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  36.5 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  36.66 
 
 		 405 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  35.47 
 
 		 452 aa  233  4.0000000000000004e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  36.66 
 
 		 405 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  37.91 
 
 		 407 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.24 
 
 		 446 aa  233  6e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.64 
 
 		 446 aa  232  1e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  33.74 
 
 		 446 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  36.25 
 
 		 406 aa  228  2e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.42 
 
 		 468 aa  226  7e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.64 
 
 		 449 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  33.5 
 
 		 445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  35.29 
 
 		 462 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  36.29 
 
 		 421 aa  207  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  33.25 
 
 		 443 aa  206  6e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  33.25 
 
 		 443 aa  206  6e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  34.77 
 
 		 406 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  34.68 
 
 		 406 aa  197  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  31.53 
 
 		 463 aa  179  7e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  34.93 
 
 		 378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 		 390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.44 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.7 
 
 		 395 aa  106  8e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  33.44 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.4 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.68 
 
 		 396 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  27.88 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  31.22 
 
 		 425 aa  99.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.11 
 
 		 399 aa  98.2  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.79 
 
 		 375 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  34.08 
 
 		 413 aa  97.8  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  25.56 
 
 		 391 aa  97.8  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  30.38 
 
 		 374 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  27.79 
 
 		 390 aa  95.9  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.31 
 
 		 408 aa  95.1  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  33.99 
 
 		 424 aa  94.7  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  26.55 
 
 		 370 aa  94.7  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  25.34 
 
 		 390 aa  94.4  4e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  31.02 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  26.68 
 
 		 396 aa  93.2  7e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.76 
 
 		 368 aa  93.2  8e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  24.77 
 
 		 382 aa  93.2  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  29.8 
 
 		 398 aa  92.8  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 418 aa  92.8  9e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  29.91 
 
 		 434 aa  92.4  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  33.13 
 
 		 384 aa  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  29.84 
 
 		 406 aa  92  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  29.86 
 
 		 381 aa  91.7  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  29.36 
 
 		 356 aa  92  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  31.65 
 
 		 379 aa  90.1  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  33.55 
 
 		 384 aa  90.1  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  30.37 
 
 		 435 aa  89  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  32.33 
 
 		 383 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.97 
 
 		 403 aa  89  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  32.85 
 
 		 430 aa  89.4  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  27.46 
 
 		 398 aa  88.6  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.29 
 
 		 398 aa  88.6  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  30.03 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  31.76 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  28.49 
 
 		 414 aa  87.4  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.05 
 
 		 389 aa  87.4  4e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  32.47 
 
 		 367 aa  87.4  5e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  34.5 
 
 		 392 aa  86.7  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  32.61 
 
 		 445 aa  86.3  8e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  31.58 
 
 		 430 aa  86.3  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  23.35 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 		 376 aa  85.5  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  29.11 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  26.57 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>