More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3528 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 394 aa  795    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  73.66 
 
 		 394 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  73.66 
 
 		 394 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  74.87 
 
 		 393 aa  588  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  73.91 
 
 		 394 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  61.48 
 
 		 400 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  62.09 
 
 		 400 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  60.64 
 
 		 400 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  63.43 
 
 		 399 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  60.36 
 
 		 403 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  60.37 
 
 		 401 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  59.62 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  57.72 
 
 		 405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  59.79 
 
 		 402 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  59.62 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  59.35 
 
 		 397 aa  433  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  56.88 
 
 		 408 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  57.93 
 
 		 330 aa  384  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  52.23 
 
 		 413 aa  348  6e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.34 
 
 		 446 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  41.09 
 
 		 446 aa  259  7e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.59 
 
 		 446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  39.85 
 
 		 379 aa  252  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  40.15 
 
 		 468 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  40.2 
 
 		 457 aa  250  4e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  39.8 
 
 		 406 aa  247  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  39.66 
 
 		 452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  39.41 
 
 		 455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  40.26 
 
 		 379 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  39.36 
 
 		 407 aa  242  7e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  38.06 
 
 		 406 aa  242  7e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  39.85 
 
 		 405 aa  242  7.999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  40.31 
 
 		 380 aa  242  9e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  38.92 
 
 		 380 aa  241  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  40.31 
 
 		 380 aa  241  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  39.07 
 
 		 445 aa  240  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  38.77 
 
 		 418 aa  238  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  39.36 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  38.52 
 
 		 405 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  38.52 
 
 		 405 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  39.33 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  39.33 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  39.79 
 
 		 380 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  38.6 
 
 		 380 aa  227  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  35.55 
 
 		 406 aa  227  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  35.84 
 
 		 406 aa  226  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  38.1 
 
 		 462 aa  216  8e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  34.76 
 
 		 421 aa  206  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  37.16 
 
 		 463 aa  193  4e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  34.62 
 
 		 378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  29.07 
 
 		 387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  27.96 
 
 		 395 aa  108  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.74 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  29.48 
 
 		 408 aa  106  6e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  33.01 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.49 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  32.1 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.48 
 
 		 396 aa  99.8  8e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  26.91 
 
 		 368 aa  98.2  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  25.07 
 
 		 396 aa  96.7  6e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  33.77 
 
 		 368 aa  96.7  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 398 aa  96.7  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 391 aa  95.9  1e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.7 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  30.06 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  29.3 
 
 		 425 aa  94.7  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 		 423 aa  94  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  30.67 
 
 		 390 aa  93.6  5e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.34 
 
 		 399 aa  91.7  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  30.11 
 
 		 418 aa  92  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  29.71 
 
 		 373 aa  91.3  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 390 aa  90.5  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 		 381 aa  89.7  9e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  32.04 
 
 		 384 aa  88.6  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  27.81 
 
 		 393 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  32.68 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 424 aa  87  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 393 aa  86.7  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  29.4 
 
 		 430 aa  85.5  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  29.1 
 
 		 376 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.29 
 
 		 362 aa  85.9  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  29.08 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  29.07 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  29.31 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  26.59 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  26.7 
 
 		 348 aa  84.7  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1447  geranylgeranyl reductase  26.27 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  27.71 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  27.81 
 
 		 373 aa  84  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  29.03 
 
 		 445 aa  84  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  29.16 
 
 		 434 aa  83.6  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  27.59 
 
 		 398 aa  83.2  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  26.9 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  32.33 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>