More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4559 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 419 aa  804    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  57.55 
 
 		 434 aa  447  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  56.63 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  53 
 
 		 457 aa  429  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  54.55 
 
 		 423 aa  425  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  56.63 
 
 		 440 aa  422  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  53.44 
 
 		 423 aa  418  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  53.62 
 
 		 425 aa  412  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  52.48 
 
 		 418 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  50 
 
 		 435 aa  398  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  50.36 
 
 		 423 aa  395  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  50.36 
 
 		 426 aa  396  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  48.56 
 
 		 434 aa  392  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  52.4 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  50.12 
 
 		 430 aa  386  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  49.3 
 
 		 430 aa  382  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  48.82 
 
 		 431 aa  383  1e-105  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  48.8 
 
 		 424 aa  362  8e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  47.37 
 
 		 443 aa  351  2e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  45.86 
 
 		 431 aa  344  2e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  46.7 
 
 		 443 aa  338  8e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  45.31 
 
 		 431 aa  331  2e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  44.84 
 
 		 444 aa  321  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  44.98 
 
 		 466 aa  290  3e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  38.7 
 
 		 436 aa  206  9e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  35.66 
 
 		 393 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  35.12 
 
 		 393 aa  184  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  37.71 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  37.71 
 
 		 406 aa  180  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  35.23 
 
 		 400 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 		 416 aa  177  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  34.66 
 
 		 408 aa  166  9e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 418 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  36.85 
 
 		 435 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  37.59 
 
 		 417 aa  161  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  34.59 
 
 		 393 aa  160  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  34.59 
 
 		 393 aa  160  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  34.3 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  36.54 
 
 		 415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.1 
 
 		 384 aa  143  7e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  35.92 
 
 		 411 aa  142  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  36.94 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  35.38 
 
 		 420 aa  139  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 		 398 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  33.6 
 
 		 409 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  35.48 
 
 		 425 aa  123  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 		 398 aa  121  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  36.69 
 
 		 420 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  36.47 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  26.96 
 
 		 376 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  33.86 
 
 		 409 aa  110  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  33.13 
 
 		 403 aa  106  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  26.87 
 
 		 370 aa  106  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  35 
 
 		 406 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.53 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.12 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.77 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  37.9 
 
 		 387 aa  99.8  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  35.31 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  33.52 
 
 		 414 aa  97.4  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  26.15 
 
 		 402 aa  97.1  6e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1434  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28.94 
 
 		 436 aa  96.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000988984  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  32.41 
 
 		 406 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  25.99 
 
 		 382 aa  94.7  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  27.82 
 
 		 415 aa  93.6  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  27.73 
 
 		 438 aa  93.2  8e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  25.42 
 
 		 387 aa  92  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.33 
 
 		 376 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  32.63 
 
 		 400 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  31.96 
 
 		 406 aa  90.5  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  26.95 
 
 		 418 aa  90.5  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  27.81 
 
 		 406 aa  90.1  7e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1195  FAD dependent oxidoreductase  27.73 
 
 		 438 aa  89.7  8e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  27.97 
 
 		 387 aa  89.7  8e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 367 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  34.64 
 
 		 392 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1370  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  26.4 
 
 		 434 aa  88.6  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  31.37 
 
 		 384 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.3 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  28.49 
 
 		 406 aa  89  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.36 
 
 		 384 aa  87.4  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2822  flavoprotein/dehydrogenase  26.35 
 
 		 413 aa  87.4  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  28.19 
 
 		 379 aa  86.3  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.99 
 
 		 396 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  26.18 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  28.3 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  26.12 
 
 		 436 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  29.69 
 
 		 453 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  28.85 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0958  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  30.37 
 
 		 437 aa  84.3  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  36.16 
 
 		 429 aa  83.6  0.000000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  27.83 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  26.88 
 
 		 457 aa  83.2  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  26.89 
 
 		 408 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  26.88 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.33 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  24.46 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  25.34 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  28.76 
 
 		 396 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>