More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5052 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  75.4 
 
 		 435 aa  682    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 434 aa  884    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  69.19 
 
 		 424 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  66.9 
 
 		 425 aa  581  1.0000000000000001e-165  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  66.82 
 
 		 423 aa  577  1.0000000000000001e-163  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  65.96 
 
 		 434 aa  576  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  64.9 
 
 		 418 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  64.9 
 
 		 440 aa  543  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  63.83 
 
 		 423 aa  535  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  64.54 
 
 		 423 aa  536  1e-151  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  61.96 
 
 		 445 aa  529  1e-149  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  60.28 
 
 		 430 aa  517  1.0000000000000001e-145  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  59.86 
 
 		 457 aa  509  1e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  61.63 
 
 		 430 aa  504  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  58.35 
 
 		 431 aa  501  1e-141  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  58.49 
 
 		 426 aa  499  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  60.24 
 
 		 424 aa  491  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  56.74 
 
 		 431 aa  486  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  58.02 
 
 		 431 aa  484  1e-135  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  58.1 
 
 		 443 aa  483  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  56 
 
 		 443 aa  450  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  54.8 
 
 		 444 aa  432  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  48.56 
 
 		 419 aa  392  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  42.76 
 
 		 466 aa  336  5e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  36.95 
 
 		 436 aa  249  7e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  36.06 
 
 		 435 aa  199  7.999999999999999e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  35.19 
 
 		 408 aa  196  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  33.25 
 
 		 393 aa  192  1e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  33 
 
 		 393 aa  192  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  33.65 
 
 		 416 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  36.05 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  35.8 
 
 		 406 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  33.86 
 
 		 400 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  31.69 
 
 		 418 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  33.65 
 
 		 417 aa  177  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 393 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 393 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  30.87 
 
 		 393 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  32.6 
 
 		 415 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  36.92 
 
 		 420 aa  154  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  32.87 
 
 		 411 aa  153  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  36.56 
 
 		 413 aa  152  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  33.13 
 
 		 398 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  30.15 
 
 		 384 aa  144  3e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.97 
 
 		 376 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  32.74 
 
 		 420 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.68 
 
 		 398 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  31.75 
 
 		 409 aa  123  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  31.5 
 
 		 425 aa  119  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  30.54 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.65 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 		 379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  29.33 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.33 
 
 		 398 aa  106  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  31.14 
 
 		 403 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 429 aa  105  2e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 408 aa  104  4e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  27.79 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.14 
 
 		 378 aa  102  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  29.33 
 
 		 406 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  27.62 
 
 		 455 aa  99.4  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  24.41 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 		 382 aa  98.6  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  29.75 
 
 		 402 aa  99  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.29 
 
 		 387 aa  97.1  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  28.94 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 406 aa  95.1  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  28.44 
 
 		 385 aa  95.1  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  27.88 
 
 		 362 aa  95.5  2e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  28.94 
 
 		 367 aa  94.7  3e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  30.21 
 
 		 384 aa  94.7  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.61 
 
 		 396 aa  92.4  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  29.69 
 
 		 453 aa  92.4  1e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  29.31 
 
 		 406 aa  92  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  30.37 
 
 		 452 aa  91.3  3e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  25 
 
 		 375 aa  90.9  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.42 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.63 
 
 		 370 aa  90.1  7e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  27.42 
 
 		 436 aa  89.7  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1370  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  27.42 
 
 		 434 aa  89.7  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2031  tryptophan halogenase  27.61 
 
 		 413 aa  88.2  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0818162  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  22.89 
 
 		 375 aa  88.2  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  31.37 
 
 		 384 aa  88.2  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.67 
 
 		 403 aa  87.8  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1434  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28 
 
 		 436 aa  87.4  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000988984  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3556  FAD dependent oxidoreductase  27.17 
 
 		 432 aa  87.4  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  26.07 
 
 		 368 aa  87  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1696  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 		 459 aa  86.7  8e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  29.06 
 
 		 368 aa  86.7  8e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.76 
 
 		 390 aa  86.3  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  30.46 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  30.46 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  29.88 
 
 		 401 aa  86.3  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0958  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  29.72 
 
 		 437 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  29.75 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  25.89 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  26.29 
 
 		 506 aa  84.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0489  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28.85 
 
 		 433 aa  83.6  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.905872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7737  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  27.7 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.393449  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>