More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1294 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 420 aa  833    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  39.72 
 
 		 423 aa  182  9.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  40.65 
 
 		 423 aa  182  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  38.3 
 
 		 431 aa  179  8e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  34.46 
 
 		 431 aa  178  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  35.2 
 
 		 457 aa  176  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  37.2 
 
 		 434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  37.23 
 
 		 434 aa  170  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  32.97 
 
 		 425 aa  167  4e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  35.54 
 
 		 418 aa  166  5e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  36.24 
 
 		 435 aa  166  9e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  34.56 
 
 		 443 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  34.97 
 
 		 430 aa  163  6e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  35.19 
 
 		 423 aa  162  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  33.94 
 
 		 426 aa  162  9e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  33.91 
 
 		 424 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  35.11 
 
 		 419 aa  156  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  34.55 
 
 		 430 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  36.66 
 
 		 440 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.57 
 
 		 384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 445 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  35.23 
 
 		 413 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  36.26 
 
 		 424 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  33.95 
 
 		 431 aa  144  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  30.9 
 
 		 376 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  32.27 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  31.46 
 
 		 398 aa  135  9e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  33.91 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  30.55 
 
 		 398 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  30.73 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  30.46 
 
 		 393 aa  126  6e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  29.59 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  31.43 
 
 		 408 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  30.81 
 
 		 395 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 		 444 aa  120  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  32.79 
 
 		 436 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  29.72 
 
 		 406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  35.03 
 
 		 416 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  35.14 
 
 		 406 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  35.14 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  32.92 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  27.37 
 
 		 415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  34.06 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  28.01 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  26.98 
 
 		 455 aa  106  7e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  30.43 
 
 		 393 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  30.89 
 
 		 409 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  30.18 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0044  geranylgeranyl reductase  32.53 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.345503  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.54 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  30.18 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  28.01 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.61 
 
 		 390 aa  103  7e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  30.84 
 
 		 418 aa  103  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  30.29 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  35.13 
 
 		 435 aa  100  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1945  geranylgeranyl reductase  29.66 
 
 		 398 aa  100  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  24.59 
 
 		 402 aa  98.6  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  32.01 
 
 		 408 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  32.69 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  31.55 
 
 		 420 aa  96.3  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  34.71 
 
 		 417 aa  95.9  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  25.5 
 
 		 387 aa  94.7  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 		 362 aa  94.7  3e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  30.89 
 
 		 378 aa  94  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  26.57 
 
 		 379 aa  93.2  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  30.4 
 
 		 407 aa  92.8  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  25.79 
 
 		 389 aa  92.8  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  31.14 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.02 
 
 		 396 aa  92  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.23 
 
 		 375 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  27.32 
 
 		 379 aa  92  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  32.82 
 
 		 403 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  25.58 
 
 		 382 aa  90.9  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0431  PUA domain-containing protein  31.98 
 
 		 397 aa  90.5  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  25.98 
 
 		 438 aa  90.1  7e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3556  FAD dependent oxidoreductase  27.82 
 
 		 432 aa  89.7  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.12 
 
 		 455 aa  89  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  30.59 
 
 		 429 aa  89.4  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  26.2 
 
 		 385 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0489  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  26.9 
 
 		 433 aa  88.6  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.905872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0129  FAD dependent oxidoreductase  28.46 
 
 		 436 aa  87.8  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  31.19 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0962  geranylgeranyl reductase  30.56 
 
 		 399 aa  88.2  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.493163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  28.26 
 
 		 380 aa  88.2  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0681  geranylgeranyl reductase  27.17 
 
 		 453 aa  87.8  3e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00166018  hitchhiker  0.00000684168 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  28.54 
 
 		 380 aa  88.2  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.22 
 
 		 370 aa  87.4  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5046  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  25.52 
 
 		 435 aa  87  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0113413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2774  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  25.96 
 
 		 430 aa  86.7  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.372841  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  27.48 
 
 		 380 aa  86.7  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  29.54 
 
 		 380 aa  86.3  9e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0958  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28.41 
 
 		 437 aa  86.3  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1195  FAD dependent oxidoreductase  25.74 
 
 		 438 aa  85.5  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  29.53 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  27.37 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4927  Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  25.7 
 
 		 435 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.16 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  32.27 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>