More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0041 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0041  NLP/P60  100 
 
 
331 aa  662    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430296  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7290  NLP/P60 protein  76.6 
 
 
329 aa  488  1e-137  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0724969  normal  0.129694 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8293  NLP/P60 protein  46.25 
 
 
374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.611397  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1103  NLP/P60 protein  31.44 
 
 
349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.107402  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4077  NLP/P60 protein  33.79 
 
 
308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0063374  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8469  Cell wall-associated hydrolase (invasion- associated protein)-like protein  31.44 
 
 
362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3054  NLP/P60 protein  28.93 
 
 
381 aa  106  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0610428  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6731  NLP/P60 protein  33.46 
 
 
308 aa  106  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00865661  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1696  NLP/P60  33.44 
 
 
302 aa  106  7e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.033206  normal  0.040245 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0480  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  36.24 
 
 
390 aa  103  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  44.35 
 
 
281 aa  101  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000100876  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2273  NLP/P60 protein  47.92 
 
 
333 aa  99.8  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.543976  normal  0.489772 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  48.62 
 
 
291 aa  99.4  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0148  NLP/P60 protein  43.09 
 
 
392 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  41.22 
 
 
305 aa  97.4  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  43.64 
 
 
273 aa  96.3  7e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  50.44 
 
 
217 aa  95.9  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07310  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  47.83 
 
 
329 aa  92.8  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0298  NLP/P60 protein  41.03 
 
 
437 aa  92.8  8e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  45.86 
 
 
271 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  41.94 
 
 
278 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3145  NLP/P60 protein  40.32 
 
 
349 aa  90.5  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.120353  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  42.96 
 
 
244 aa  89  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  41.94 
 
 
174 aa  89  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  38.85 
 
 
189 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6095  NLP/P60 protein  47.06 
 
 
366 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1030  NLP/P60 family secreted protein  42.28 
 
 
340 aa  86.7  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.427961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0190  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  44.68 
 
 
235 aa  86.3  6e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2551  NLP/P60 protein  31.76 
 
 
331 aa  85.9  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4630  NLP/P60 protein  37.06 
 
 
162 aa  85.9  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0160155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0889  NLP/P60 protein  38.61 
 
 
337 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  49.52 
 
 
368 aa  84  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  37.59 
 
 
204 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4909  NLP/P60 protein  38.14 
 
 
335 aa  84.3  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  39.55 
 
 
206 aa  83.2  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0751  NLP/P60 protein  35.19 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2692  NLP/P60 protein  46.43 
 
 
162 aa  82.8  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8534  Cell wall-associated hydrolase (invasion- associated protein)-like protein  40.37 
 
 
438 aa  82.8  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0174309  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  40.68 
 
 
197 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0274  SagA protein  43.81 
 
 
432 aa  82  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  40.35 
 
 
218 aa  82  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  42.31 
 
 
256 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  40.68 
 
 
218 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0265  NlpC/P60 family protein  43.81 
 
 
432 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 
224 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  36.84 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  39.47 
 
 
198 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  42.74 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1348  NLP/P60 protein  41.67 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00998708  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2283  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  46.15 
 
 
222 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5739  NLP/P60 protein  42.16 
 
 
367 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1427  NLP/P60 protein  37.12 
 
 
301 aa  80.9  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0243  NLP/P60 protein  42.57 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  44.04 
 
 
199 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1267  lytic transglycosylase catalytic  44.25 
 
 
176 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.297351 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 
217 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2789  NLP/P60 family protein  39.13 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142626  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3070  NLP/P60 protein  43.96 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00281193  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8562  NLP/P60 protein  46.43 
 
 
373 aa  80.5  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0614213  hitchhiker  0.0073147 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4480  NLP/P60 protein  40.95 
 
 
340 aa  80.5  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  44.33 
 
 
280 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1461  NLP/P60  44.55 
 
 
366 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.495869  decreased coverage  0.00837381 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1029  putative secreted protein  41.41 
 
 
331 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.781321  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  42.34 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3049  NLP/P60 protein  45.63 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2700  NLP/P60 protein  39.78 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000637216  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  42.65 
 
 
370 aa  79.3  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  40.68 
 
 
197 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  43.2 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  39.52 
 
 
438 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  37.59 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6528  NLP/P60 protein  38.46 
 
 
392 aa  79.3  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.203343 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0285  NLP/P60  40.54 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3095  NLP/P60 protein  44.19 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.378956 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26310  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  42.57 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2151  NLP/P60 protein  32.82 
 
 
424 aa  79  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000325506  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2144  NLP/P60 protein  48.31 
 
 
374 aa  78.6  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  38.1 
 
 
226 aa  79  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10024  hypothetical protein  37.4 
 
 
281 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  42.5 
 
 
237 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  41.6 
 
 
243 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  36.09 
 
 
202 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10740  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  44.55 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  38.33 
 
 
195 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8932  NLP/P60 protein  40.34 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00108547  normal  0.263686 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4013  NLP/P60 protein  46.74 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2104  NLP/P60  36.44 
 
 
217 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.178668  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3478  lytic transglycosylase  43.36 
 
 
175 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61144  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  38.24 
 
 
326 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  42.73 
 
 
362 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1783  NLP/P60 protein  47.67 
 
 
317 aa  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.114987  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  34.55 
 
 
265 aa  77  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  37.29 
 
 
263 aa  77  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  45.37 
 
 
201 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  40.3 
 
 
204 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1908  NLP/P60 protein  40.45 
 
 
298 aa  77.4  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1657  cell wall-associated hydrolase  34.71 
 
 
186 aa  77  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.388437  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  37.7 
 
 
228 aa  77  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3124  NLP/P60 protein  38.17 
 
 
327 aa  77  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0606455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>