More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3478 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3478  lytic transglycosylase  100 
 
 		 175 aa  353  6.999999999999999e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1267  lytic transglycosylase catalytic  69.89 
 
 		 176 aa  224  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.297351 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8293  NLP/P60 protein  45.69 
 
 		 374 aa  99.4  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.611397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7290  NLP/P60 protein  42.07 
 
 		 329 aa  94.4  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0724969  normal  0.129694 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  46.67 
 
 		 216 aa  88.2  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  45.6 
 
 		 318 aa  86.3  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  43.28 
 
 		 370 aa  85.9  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  41.09 
 
 		 235 aa  84.3  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  43.2 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  43.55 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  37.96 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2342  Lytic transglycosylase catalytic  44.44 
 
 		 327 aa  81.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920192  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  49.06 
 
 		 290 aa  81.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  42.64 
 
 		 234 aa  80.9  0.000000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  36.69 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  41.09 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  35.43 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  36.59 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  43.75 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  36.67 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  39.55 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  36.67 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  36.67 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  36.67 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  39.38 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  46.73 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  45.59 
 
 		 325 aa  78.2  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  43.12 
 
 		 245 aa  77.4  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  42.96 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0041  NLP/P60  43.51 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  36.07 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1133  lytic transglycosylase catalytic  48.54 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  36.07 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  34.53 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  35.83 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  35.83 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  36.07 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  41.44 
 
 		 438 aa  75.1  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  36.44 
 
 		 146 aa  75.1  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  33.77 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  35.51 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  42.5 
 
 		 206 aa  74.3  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  43.9 
 
 		 208 aa  74.3  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  40.16 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  35.71 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.69 
 
 		 239 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  44 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  44.23 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  44 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  37.4 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  42.34 
 
 		 242 aa  72.4  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  42.34 
 
 		 202 aa  72  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  39.55 
 
 		 206 aa  72  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  45.63 
 
 		 293 aa  71.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  41.8 
 
 		 258 aa  72  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  44.86 
 
 		 200 aa  71.6  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 239 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  40.98 
 
 		 197 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  37.59 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  40.98 
 
 		 218 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 239 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 239 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  43.69 
 
 		 272 aa  71.2  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  41.75 
 
 		 199 aa  70.9  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  36.92 
 
 		 249 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  45.63 
 
 		 296 aa  70.9  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  42.64 
 
 		 217 aa  70.9  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2504  Peptidase M23  35.42 
 
 		 290 aa  70.9  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.241623  normal  0.0435896 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  43.27 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3638  lytic transglycosylase catalytic  41.12 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  45.63 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  41.44 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  43.9 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  38.26 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  38.4 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0315  peptidase M23B  46.99 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.612531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  39.29 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  39.29 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  35.86 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  35.38 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  34.06 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  36 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  44.34 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  37.69 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  32.37 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.15 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  36.92 
 
 		 299 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1002  lytic transglycosylase, catalytic  43.14 
 
 		 271 aa  68.2  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578014  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  43.7 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3973  lytic transglycosylase catalytic  41.12 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  39.81 
 
 		 280 aa  68.2  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.2 
 
 		 217 aa  67.8  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  43.14 
 
 		 448 aa  67.8  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  40.35 
 
 		 326 aa  67.8  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  34.06 
 
 		 204 aa  67  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  34.44 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 		 296 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6778  Membrane-bound lytic murein transglycosylase B- like protein  32.87 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  38.83 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 		 296 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>