292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2361 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  100 
 
 
127 aa  253  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  57.26 
 
 
128 aa  139  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2237  carboxymuconolactone decarboxylase  60 
 
 
130 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  58.59 
 
 
123 aa  110  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  59.55 
 
 
118 aa  103  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1996  carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
136 aa  99.4  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0349754  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  52.48 
 
 
138 aa  99.4  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  53.12 
 
 
110 aa  99  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.09 
 
 
131 aa  98.2  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  52.69 
 
 
109 aa  97.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2524  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.61 
 
 
136 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303227  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1186  carboxymuconolactone decarboxylase  37.61 
 
 
136 aa  97.1  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396733  normal  0.385259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  50.47 
 
 
275 aa  95.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  51.09 
 
 
148 aa  94  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  93.6  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  42.98 
 
 
133 aa  92.8  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50 
 
 
132 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.06 
 
 
152 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 
134 aa  91.3  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  49.45 
 
 
129 aa  90.9  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.96 
 
 
138 aa  90.9  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.31 
 
 
125 aa  89.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.92 
 
 
132 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
152 aa  89  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  43.75 
 
 
125 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  47.31 
 
 
128 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  46.24 
 
 
128 aa  85.1  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  46.24 
 
 
130 aa  84.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  45.74 
 
 
128 aa  84  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.74 
 
 
128 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  45.74 
 
 
128 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  45.74 
 
 
128 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  54.17 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.32 
 
 
136 aa  81.3  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  39.32 
 
 
261 aa  81.3  0.000000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2236  carboxymuconolactone decarboxylase  33.88 
 
 
134 aa  80.9  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.32284 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  47.31 
 
 
150 aa  79.7  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  43.16 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  52.75 
 
 
145 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  43 
 
 
260 aa  77.4  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  53.85 
 
 
144 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.44 
 
 
299 aa  75.1  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  52.75 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  41.05 
 
 
276 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.58 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  39.58 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.58 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  52.75 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  52.75 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  52.75 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  52.75 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  44.09 
 
 
127 aa  72.4  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  36.84 
 
 
108 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3046  carboxymuconolactone decarboxylase  42.27 
 
 
106 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.24 
 
 
138 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.14 
 
 
107 aa  69.7  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  38.18 
 
 
239 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  43.62 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0755  carboxymuconolactone decarboxylase  29.66 
 
 
124 aa  68.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5179  carboxymuconolactone decarboxylase  45.78 
 
 
123 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.351451  normal  0.0612334 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
122 aa  67.4  0.00000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22780  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  34.21 
 
 
123 aa  67.4  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0718259  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  35.05 
 
 
259 aa  67  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.74 
 
 
129 aa  66.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  37.76 
 
 
108 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
133 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1910  carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
106 aa  65.5  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  36.97 
 
 
298 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  35.11 
 
 
129 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  35.11 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  35.11 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  35.11 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  42.53 
 
 
391 aa  64.3  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4879  carboxymuconolactone decarboxylase  39.42 
 
 
123 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0552117 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4793  carboxymuconolactone decarboxylase  39.42 
 
 
123 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.575162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2707  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  41.05 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3780  carboxymuconolactone decarboxylase  34.4 
 
 
218 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.971956  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  38.71 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2291  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.89 
 
 
122 aa  62.8  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.210071  normal  0.0104298 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.54 
 
 
393 aa  62.8  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.94 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.78 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.84 
 
 
132 aa  62  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  35.56 
 
 
132 aa  62  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.86 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  35 
 
 
238 aa  62.4  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.51 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  36.84 
 
 
132 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  34.78 
 
 
380 aa  61.6  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.58 
 
 
393 aa  61.6  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.86 
 
 
134 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.58 
 
 
393 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1806  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.19 
 
 
255 aa  61.6  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0201167 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.58 
 
 
393 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>