240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1996 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1996  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
136 aa  278  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0349754  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1186  carboxymuconolactone decarboxylase  95.59 
 
 
136 aa  267  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396733  normal  0.385259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2524  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  95.59 
 
 
136 aa  267  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303227  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2236  carboxymuconolactone decarboxylase  67.67 
 
 
134 aa  199  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.32284 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0755  carboxymuconolactone decarboxylase  62.28 
 
 
124 aa  148  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1323  carboxymuconolactone decarboxylase  57.04 
 
 
137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.376227  normal  0.0337516 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  46.55 
 
 
128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1189  carboxymuconolactone decarboxylase  43.18 
 
 
141 aa  106  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26213  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  46.53 
 
 
128 aa  96.3  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  46.53 
 
 
128 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  46.53 
 
 
128 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.53 
 
 
128 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  46.46 
 
 
128 aa  94  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  46.53 
 
 
128 aa  93.6  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2237  carboxymuconolactone decarboxylase  40.52 
 
 
130 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  37.5 
 
 
127 aa  85.9  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  42.42 
 
 
133 aa  80.5  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.4 
 
 
132 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.48 
 
 
131 aa  77.4  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  38.64 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.52 
 
 
125 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
123 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.25 
 
 
152 aa  74.7  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  33.61 
 
 
129 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.39 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  38.14 
 
 
110 aa  74.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  36.73 
 
 
109 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  40.66 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  36.44 
 
 
127 aa  71.6  0.000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  38.38 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.14 
 
 
118 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
148 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  34.09 
 
 
125 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.37 
 
 
260 aa  67.8  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.02 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  35.71 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  31.62 
 
 
295 aa  65.1  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.36 
 
 
152 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.11 
 
 
127 aa  64.7  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  33.06 
 
 
150 aa  64.7  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  32.09 
 
 
275 aa  63.9  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.83 
 
 
132 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
136 aa  62.8  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  37.36 
 
 
132 aa  61.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  40.62 
 
 
145 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  31.48 
 
 
238 aa  61.2  0.000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.33 
 
 
123 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.77 
 
 
299 aa  60.5  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.24 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
126 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.24 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.95 
 
 
122 aa  59.7  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6128  carboxymuconolactone decarboxylase  29.27 
 
 
125 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
126 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  39.18 
 
 
144 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  37.37 
 
 
132 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  39.18 
 
 
144 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  39.18 
 
 
144 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  39.77 
 
 
126 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  37.86 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  39.02 
 
 
131 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
127 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  39.58 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  39.18 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  43.75 
 
 
129 aa  57.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.67 
 
 
138 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
127 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
126 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
129 aa  57  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  41.25 
 
 
391 aa  57.4  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.55 
 
 
127 aa  57  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3566  carboxymuconolactone decarboxylase  41.98 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199431  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  35.29 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3046  carboxymuconolactone decarboxylase  34.38 
 
 
106 aa  55.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.35 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5046  carboxymuconolactone decarboxylase  41.98 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.336576 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4519  carboxymuconolactone decarboxylase  33.66 
 
 
125 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.591188  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  35.29 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  35 
 
 
392 aa  55.5  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  38.27 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  35.29 
 
 
129 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  40.74 
 
 
132 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2707  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  33.02 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3004  3-oxoadipate enol-lactonase  34.78 
 
 
390 aa  55.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  35.23 
 
 
126 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.77 
 
 
127 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  32 
 
 
124 aa  55.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  33.65 
 
 
396 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  34.12 
 
 
129 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.08 
 
 
129 aa  54.3  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.05 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.8 
 
 
130 aa  54.7  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
126 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  29.84 
 
 
125 aa  54.3  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>