239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2236 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2236  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
134 aa  270  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.32284 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2524  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  69.92 
 
 
136 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303227  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1186  carboxymuconolactone decarboxylase  69.92 
 
 
136 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396733  normal  0.385259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1996  carboxymuconolactone decarboxylase  67.67 
 
 
136 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0349754  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0755  carboxymuconolactone decarboxylase  55.93 
 
 
124 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1323  carboxymuconolactone decarboxylase  56.39 
 
 
137 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.376227  normal  0.0337516 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1189  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
141 aa  117  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.26213  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  42.37 
 
 
128 aa  101  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2237  carboxymuconolactone decarboxylase  41.75 
 
 
130 aa  83.6  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.62 
 
 
128 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  38.38 
 
 
128 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.63 
 
 
128 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  36.63 
 
 
128 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  36.63 
 
 
128 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  36.63 
 
 
128 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.95 
 
 
152 aa  73.2  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  33.88 
 
 
127 aa  71.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.25 
 
 
127 aa  71.6  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.65 
 
 
125 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  34.02 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.98 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.32 
 
 
132 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.43 
 
 
131 aa  64.7  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  31.63 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.34 
 
 
132 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  34.09 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  32.32 
 
 
148 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.95 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  34.38 
 
 
109 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.02 
 
 
118 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.38 
 
 
129 aa  62.8  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  34.02 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  31.68 
 
 
150 aa  62  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.78 
 
 
260 aa  62  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.29 
 
 
132 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.29 
 
 
132 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
261 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  32.65 
 
 
122 aa  61.2  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.75 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  37.35 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  30.68 
 
 
125 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.01 
 
 
122 aa  58.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  31 
 
 
152 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.61 
 
 
127 aa  58.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.93 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
299 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  42.5 
 
 
129 aa  57.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
144 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
144 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
144 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
144 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
144 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
144 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.76 
 
 
128 aa  57.4  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  35.71 
 
 
131 aa  57  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.21 
 
 
126 aa  57  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  38.27 
 
 
391 aa  56.6  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  35.8 
 
 
124 aa  56.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.78 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.89 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.56 
 
 
123 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  29.91 
 
 
275 aa  55.5  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.74 
 
 
127 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  36.78 
 
 
126 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  40.74 
 
 
127 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
128 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  35.23 
 
 
126 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  34.23 
 
 
132 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3004  3-oxoadipate enol-lactonase  32.95 
 
 
390 aa  53.9  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  31.82 
 
 
129 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  31.82 
 
 
129 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.61 
 
 
138 aa  52.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.48 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  31.82 
 
 
129 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
128 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.35 
 
 
127 aa  53.5  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4519  carboxymuconolactone decarboxylase  35.71 
 
 
125 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.591188  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  29 
 
 
295 aa  53.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  35.71 
 
 
136 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  30.68 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4526  carboxymuconolactone decarboxylase  36.59 
 
 
128 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2692  4-carboxymuconolactone decarboxylase  31.76 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00273056  normal  0.231258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
125 aa  52  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.57 
 
 
134 aa  51.6  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.75 
 
 
130 aa  52  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  39.51 
 
 
124 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  29.27 
 
 
135 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>