More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2568 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
132 aa  278  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  73.55 
 
 
123 aa  199  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  64.52 
 
 
125 aa  186  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  62.18 
 
 
129 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  61.34 
 
 
129 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  61.34 
 
 
129 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  61.34 
 
 
129 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  63.64 
 
 
127 aa  166  8e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.63 
 
 
126 aa  163  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  62.73 
 
 
129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  56.78 
 
 
126 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  56.78 
 
 
126 aa  160  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  56.9 
 
 
134 aa  160  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  55.56 
 
 
136 aa  157  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1473  Carboxymuconolactone decarboxylase  61.26 
 
 
137 aa  156  7e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.362759  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
126 aa  156  9e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  57.02 
 
 
392 aa  155  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  54.47 
 
 
126 aa  154  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  57.02 
 
 
396 aa  150  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0976  putative gamma carboxymuconolactone decarboxylase  54.31 
 
 
131 aa  146  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.602862 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  53.51 
 
 
129 aa  146  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.83 
 
 
132 aa  146  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
128 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
129 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
129 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.83 
 
 
130 aa  145  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
128 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
129 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  53.45 
 
 
125 aa  146  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
128 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.62 
 
 
128 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5797  carboxymuconolactone decarboxylase  55.17 
 
 
131 aa  145  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10545  normal  0.0382532 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.94 
 
 
128 aa  144  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.07 
 
 
127 aa  144  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.74 
 
 
129 aa  143  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
128 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.78 
 
 
128 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  54.31 
 
 
131 aa  142  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.17 
 
 
132 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
130 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.94 
 
 
128 aa  141  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  52.1 
 
 
130 aa  141  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1216  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  49.58 
 
 
132 aa  142  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0658576  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0448  carboxymuconolactone decarboxylase  48.74 
 
 
131 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  49.17 
 
 
132 aa  141  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.1 
 
 
131 aa  140  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  55.56 
 
 
132 aa  141  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  48.33 
 
 
133 aa  140  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.45 
 
 
132 aa  140  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0381  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  47.9 
 
 
131 aa  140  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.07667  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  48.72 
 
 
373 aa  139  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1965  carboxymuconolactone decarboxylase  52.1 
 
 
137 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0644561  normal  0.179898 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01252  conserved hypothetical protein  45.45 
 
 
157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  52.5 
 
 
129 aa  138  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.99 
 
 
402 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 
133 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.26 
 
 
132 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  52.1 
 
 
393 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.59 
 
 
134 aa  137  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.45 
 
 
127 aa  137  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  48.76 
 
 
128 aa  137  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  48.76 
 
 
128 aa  136  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.59 
 
 
134 aa  136  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.76 
 
 
128 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3404  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
134 aa  135  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.76 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
393 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
393 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
393 aa  135  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
393 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
393 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
124 aa  135  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.14 
 
 
393 aa  134  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.59 
 
 
128 aa  134  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  52.63 
 
 
391 aa  134  5e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  45.97 
 
 
128 aa  133  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5508  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.72 
 
 
129 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000984625 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3252  carboxymuconolactone decarboxylase  52.25 
 
 
133 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4074  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
154 aa  132  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.68 
 
 
126 aa  131  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2960  carboxymuconolactone decarboxylase  47.71 
 
 
126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00839552  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  53.57 
 
 
127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.69 
 
 
134 aa  130  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  53.57 
 
 
124 aa  130  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.68 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  53.57 
 
 
128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6125  carboxymuconolactone decarboxylase  49.17 
 
 
129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.957093  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45 
 
 
161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  52.68 
 
 
128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.96 
 
 
129 aa  127  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.86 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.7 
 
 
134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.75 
 
 
135 aa  124  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>