205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3780 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3780  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
218 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.971956  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.19 
 
 
128 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  34.19 
 
 
128 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  34.19 
 
 
128 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.78 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  40.21 
 
 
109 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  34.19 
 
 
128 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  33.06 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.58 
 
 
128 aa  72  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  41.05 
 
 
110 aa  72  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.27 
 
 
118 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.48 
 
 
125 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.27 
 
 
123 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  33.64 
 
 
128 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  30.65 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  32.81 
 
 
150 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.31 
 
 
138 aa  70.1  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  36.63 
 
 
134 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  30 
 
 
132 aa  69.3  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  28.79 
 
 
261 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.34 
 
 
132 aa  67  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  31.9 
 
 
152 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  31.93 
 
 
129 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  31.43 
 
 
275 aa  66.2  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  29.82 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  35.64 
 
 
125 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  30.83 
 
 
148 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.96 
 
 
161 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  32.69 
 
 
130 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.32 
 
 
398 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  36.21 
 
 
144 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4074  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.09 
 
 
154 aa  62  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  35.34 
 
 
144 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  36.21 
 
 
144 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.96 
 
 
248 aa  60.8  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  35.34 
 
 
144 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
138 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  34.48 
 
 
145 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  35.34 
 
 
144 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  35.34 
 
 
144 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.38 
 
 
127 aa  60.1  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  35.56 
 
 
256 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  32.35 
 
 
128 aa  60.8  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  38.61 
 
 
276 aa  60.1  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  29.92 
 
 
380 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  30.85 
 
 
396 aa  59.7  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.96 
 
 
152 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.9 
 
 
127 aa  58.9  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  36.56 
 
 
108 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  34 
 
 
108 aa  58.2  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  34.69 
 
 
265 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  28.35 
 
 
259 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  32.98 
 
 
238 aa  56.6  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  33.6 
 
 
127 aa  56.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2511  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.95 
 
 
281 aa  56.6  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.955694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  38.71 
 
 
268 aa  56.2  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.16 
 
 
402 aa  55.8  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.84 
 
 
299 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  34.09 
 
 
239 aa  55.8  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.2 
 
 
107 aa  55.1  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  37.08 
 
 
132 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  31.86 
 
 
123 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  29.93 
 
 
283 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  29.93 
 
 
283 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5179  carboxymuconolactone decarboxylase  35.53 
 
 
123 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.351451  normal  0.0612334 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  40.62 
 
 
397 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  34.57 
 
 
393 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.78 
 
 
128 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  32.95 
 
 
262 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0521  carboxymuconolactone decarboxylase  31.18 
 
 
136 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00445095  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  40.58 
 
 
391 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.05 
 
 
122 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2282  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
114 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.175309  normal  0.232521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  26.19 
 
 
125 aa  53.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.16 
 
 
132 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
393 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.26 
 
 
138 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
393 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
393 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
393 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
393 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  23.71 
 
 
122 aa  52.4  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.13 
 
 
393 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  34.04 
 
 
129 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.95 
 
 
107 aa  52  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  34.04 
 
 
129 aa  52  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4793  carboxymuconolactone decarboxylase  34.21 
 
 
123 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.575162  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4879  carboxymuconolactone decarboxylase  34.21 
 
 
123 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0552117 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  26.19 
 
 
132 aa  51.6  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  37.68 
 
 
129 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  35.8 
 
 
124 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  39.13 
 
 
125 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>