More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0513 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0513  transcriptional regulator  100 
 
 		 155 aa  307  2.9999999999999997e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934447 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.58 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  65.45 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.21 
 
 		 212 aa  73.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 208 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  57.63 
 
 		 202 aa  67  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 210 aa  67.4  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 240 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3794  response regulator receiver protein  61.11 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  54.69 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  39.39 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.39 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  52.46 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0276  two component transcription LuxR family regulatory protein  50 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00306595  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1698  two component LuxR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1500  Signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  48.28 
 
 		 1483 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  46.77 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 215 aa  63.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  50.82 
 
 		 210 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 218 aa  63.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  55.36 
 
 		 205 aa  63.9  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  53.12 
 
 		 204 aa  63.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0514  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5458  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.61 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0682828  normal  0.0164406 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.36 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  50 
 
 		 205 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6835  transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 222 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80633  normal  0.285546 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 213 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  43.68 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.17 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  52.38 
 
 		 209 aa  61.2  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  50.85 
 
 		 208 aa  61.2  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 216 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  49.15 
 
 		 205 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5708  two component LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 221 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1969  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 199 aa  60.8  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0986563 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 207 aa  60.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 207 aa  60.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  55.36 
 
 		 214 aa  60.8  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  60.8  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 212 aa  60.8  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 207 aa  60.8  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 208 aa  60.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  48.84 
 
 		 226 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 207 aa  60.5  0.000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.77 
 
 		 222 aa  60.5  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  37.35 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 643 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  43.43 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  49.09 
 
 		 643 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6046  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 502 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 637 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  49.18 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.15 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5185  two component LuxR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  50 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  36.14 
 
 		 203 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6022  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  48.21 
 
 		 596 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.277911  normal  0.668143 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3918  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  36.14 
 
 		 205 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2884  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 229 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.538425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>