More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4602 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4602  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 108 aa  221  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.31 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  35.11 
 
 		 322 aa  58.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 345 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4771  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 317 aa  57.4  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 276 aa  57.4  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  29.89 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1822  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0432  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 397 aa  55.8  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0100  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 252 aa  54.3  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 334 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 334 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 334 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 334 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 327 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  41.1 
 
 		 310 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  30.34 
 
 		 316 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1419  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 330 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00505932  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 334 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 278 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 280 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3978  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 318 aa  51.2  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.250001  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 280 aa  51.2  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09710  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.43 
 
 		 310 aa  50.8  0.000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.966936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 327 aa  50.4  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 272 aa  49.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 281 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 281 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1874  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 341 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.612156 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 281 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 325 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 314 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 329 aa  49.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4317  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 331 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  31.58 
 
 		 336 aa  49.3  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  24.04 
 
 		 296 aa  48.9  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 331 aa  48.5  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 309 aa  48.9  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  24.51 
 
 		 497 aa  48.5  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 281 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 289 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 338 aa  48.5  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  30.19 
 
 		 1347 aa  48.5  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 295 aa  48.1  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  48.1  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 343 aa  48.1  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 308 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 		 307 aa  48.1  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 312 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 284 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 291 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 325 aa  47.4  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 350 aa  47.4  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 320 aa  47.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 320 aa  47.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3518  cyclic nucleotide-binding  32.89 
 
 		 319 aa  47.8  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 533 aa  47.4  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.55 
 
 		 369 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 388 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  32 
 
 		 358 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 318 aa  47.4  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 317 aa  47.4  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 332 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  30.49 
 
 		 294 aa  47  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1532  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 271 aa  47.4  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  35.37 
 
 		 302 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 299 aa  47  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  25.27 
 
 		 280 aa  47  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2162  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 284 aa  47  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.637504 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 544 aa  47  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 260 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 239 aa  46.2  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  25.47 
 
 		 530 aa  46.6  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 278 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 349 aa  46.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 299 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3954  helix-turn-helix domain-containing protein  38.67 
 
 		 354 aa  46.6  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 248 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 321 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 329 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 349 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 349 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 321 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 257 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0849  ADA regulatory protein  28.28 
 
 		 351 aa  45.8  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.47 
 
 		 323 aa  46.2  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 257 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 353 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 326 aa  45.4  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 344 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 348 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 274 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  26.73 
 
 		 302 aa  45.4  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>