More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_3954 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3954  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 354 aa  728    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 365 aa  69.3  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  34.4 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  32.67 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  31.13 
 
 		 261 aa  62.4  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 382 aa  62  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 342 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 314 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  32.26 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 368 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  30.77 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  27.61 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  21.03 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  30.77 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  30.77 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  37.04 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  37.66 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.16 
 
 		 305 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0626  AraC family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.653952  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  29.09 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  34.91 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  20.3 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.71 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 307 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  32.47 
 
 		 296 aa  57  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 320 aa  57  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 307 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 322 aa  57  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 307 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  28.43 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.57 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.57 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 330 aa  57  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  31.96 
 
 		 1347 aa  56.6  0.0000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.11 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  29.91 
 
 		 1355 aa  56.2  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 325 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  29.73 
 
 		 1355 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  29.46 
 
 		 295 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.57 
 
 		 310 aa  55.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1829  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 517 aa  55.1  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1101  Ada metal-binding domain-containing protein  30.12 
 
 		 511 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.12283  normal  0.610277 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2020  DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase / DNA-3-methyladenine glycosylase II / transcriptional regulator Ada  28.92 
 
 		 517 aa  55.1  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.416366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 329 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  33.33 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 332 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 375 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3721  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0850692  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  28.57 
 
 		 296 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4647  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.951834 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  27.19 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>