More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4393 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4393  response regulator receiver protein  100 
 
 		 143 aa  296  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0713  response regulator receiver domain-containing protein  91.61 
 
 		 143 aa  279  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.454574 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4781  response regulator receiver protein  47.69 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73464  normal  0.808213 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2180  response regulator receiver  42.86 
 
 		 151 aa  72  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.269305  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4011  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.17 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0268606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 235 aa  70.5  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  40 
 
 		 705 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0320  response regulator receiver domain-containing protein  36.44 
 
 		 175 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1316  response regulator receiver domain-containing protein  40.35 
 
 		 152 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.320962  normal  0.0622647 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5171  histidine kinase  34.13 
 
 		 584 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.944283 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1362  CheY-like domain-containing protein  40.35 
 
 		 149 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.517477  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3013  response regulator receiver  40.35 
 
 		 149 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.174134  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0845  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.455865  normal  0.167506 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 		 776 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0613  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 		 776 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5291  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3142  response regulator  40.35 
 
 		 149 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 406 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6496  two component transcriptional regulator  50.7 
 
 		 231 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00132974  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0241  Signal transduction histidine Kinases (STHK)  37.86 
 
 		 582 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 639 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6378  response regulator receiver protein  39.67 
 
 		 158 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545178  normal  0.378734 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6058  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.68971  normal  0.260625 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0095  two component transcriptional regulator  31.93 
 
 		 224 aa  67  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5571  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  34.71 
 
 		 1218 aa  67  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5630  response regulator receiver protein  38.84 
 
 		 158 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.045392  normal  0.0327485 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0072  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 568 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00516402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  35.56 
 
 		 705 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.09 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2725  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0716975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1363  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 159 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.79644  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6466  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 159 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0540776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  37.82 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  33.61 
 
 		 458 aa  65.1  0.0000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5338  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.890396  normal  0.026694 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.29 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3992  response regulator receiver protein  35.66 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.16183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2013  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 		 569 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00655857 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  40.7 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04836  two-component system regulatory protein  31.09 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  33.61 
 
 		 458 aa  65.1  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  34.45 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 233 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  27.73 
 
 		 228 aa  64.3  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3340  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.25 
 
 		 258 aa  63.9  0.0000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0454745 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5463  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 182 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383205 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001059  putative two-component response regulator  32.79 
 
 		 235 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2975  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 663 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.658614  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3887  two component transcriptional regulator  36.13 
 
 		 251 aa  63.5  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.243105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1560  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3183  signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 1279 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 121 aa  63.5  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 232 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2833  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.26 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.809465  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2241  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 		 657 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.04 
 
 		 994 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  38.82 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3166  response regulator receiver domain-containing protein  33.88 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0764134 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2998  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 807 aa  63.5  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.745142 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1490  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 		 835 aa  62.8  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1520  signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  40.17 
 
 		 1303 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0027  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.42 
 
 		 917 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0893  two component transcriptional regulator  36.13 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5434  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 		 539 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489177  normal  0.0484799 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3942  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 163 aa  62.4  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3429  two component transcriptional regulator  34.43 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0608192  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 232 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 443 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3604  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 		 619 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.562878 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.67 
 
 		 236 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 227 aa  62  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3377  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  35.85 
 
 		 1242 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1149  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 764 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.736998  normal  0.0891785 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1936  response regulator receiver protein  27.73 
 
 		 221 aa  62  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.941096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  31.09 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 232 aa  62  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 242 aa  62  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4807  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 1287 aa  61.2  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00341781  normal  0.634217 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4207  response regulator receiver protein  38.37 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.771701  normal  0.140814 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.13 
 
 		 243 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 		 664 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4321  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 248 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2857  sensory box/response regulator  37.5 
 
 		 754 aa  61.6  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.917485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1601  CheB methylesterase, CheR methyltransferase, hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 1222 aa  60.8  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.472526  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3728  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.445342 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4519  response regulator receiver  47.06 
 
 		 234 aa  61.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.135212  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.88 
 
 		 229 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  35.29 
 
 		 252 aa  61.2  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2118  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.2 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0035  response regulator receiver protein  38.37 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 230 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>