More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5611 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 235 aa  482  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4011  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.15 
 
 		 236 aa  371  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0268606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  60 
 
 		 228 aa  302  3.0000000000000004e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  56.11 
 
 		 229 aa  271  9e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01810  transcriptional regulatory protein  52.51 
 
 		 226 aa  253  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 227 aa  243  9.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 227 aa  239  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 243 aa  211  1e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 231 aa  194  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.52 
 
 		 228 aa  191  6e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 239 aa  188  7e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 		 239 aa  188  7e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  42.04 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.08 
 
 		 243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  44.74 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 233 aa  180  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  42.74 
 
 		 235 aa  180  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 235 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 226 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 236 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 229 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 234 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.12 
 
 		 237 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 235 aa  178  8e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 230 aa  178  8e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  42.49 
 
 		 235 aa  177  9e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0105  DNA-binding response regulator  41.45 
 
 		 237 aa  177  9e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  42.98 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  41.3 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  43.48 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  41.78 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.91 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  40.44 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.26 
 
 		 236 aa  175  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  40.44 
 
 		 223 aa  175  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  40.44 
 
 		 223 aa  175  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.65 
 
 		 233 aa  175  7e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 235 aa  174  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.84 
 
 		 230 aa  171  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 225 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 229 aa  171  9e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40.89 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2688  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.67 
 
 		 243 aa  170  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0901925  normal  0.494683 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  38.77 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.35 
 
 		 231 aa  169  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0541  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0993  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>