More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4011 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4011  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 236 aa  478  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0268606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.15 
 
 		 235 aa  371  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  62.83 
 
 		 228 aa  300  1e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  59.48 
 
 		 229 aa  278  4e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  52.73 
 
 		 227 aa  247  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01810  transcriptional regulatory protein  52.68 
 
 		 226 aa  246  2e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.8 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.29 
 
 		 243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  44.3 
 
 		 235 aa  209  4e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.4 
 
 		 235 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  46.29 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 231 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.18 
 
 		 228 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.72 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  46.29 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 224 aa  191  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.86 
 
 		 236 aa  185  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 272 aa  185  6e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 234 aa  185  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 226 aa  181  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.31 
 
 		 231 aa  181  9.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 236 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.15 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  43.11 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.48 
 
 		 230 aa  178  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 230 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 235 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.15 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  45.49 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 229 aa  176  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0541  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 228 aa  176  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  41.35 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.93 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.98 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 236 aa  175  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 234 aa  175  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 239 aa  175  6e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 233 aa  175  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 232 aa  175  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3138  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 224 aa  175  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0707  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 227 aa  175  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.598521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 227 aa  175  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 228 aa  174  8e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4400  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0959  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.23 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.159493 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 238 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  42.79 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2339  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 231 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0257  DNA-binding response regulator  41.13 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0117449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  43.1 
 
 		 235 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  41.67 
 
 		 256 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 241 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.49 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 236 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 232 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 239 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  39.41 
 
 		 238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  42.22 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  42.22 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  38.96 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4408  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 229 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0897949 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 241 aa  171  5.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>