More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5108 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1450  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  66.23 
 
 		 548 aa  691    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168793 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5108  two-component sensor  100 
 
 		 564 aa  1147    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5189  Signal transduction histidine kinase  56.13 
 
 		 539 aa  603  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4041  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.3 
 
 		 543 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3951  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.39 
 
 		 540 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46370  putative two-component sensor  47.92 
 
 		 540 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.304755  hitchhiker  0.00684988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3253  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.65 
 
 		 545 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175641 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.63 
 
 		 561 aa  451  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0896  sensor histidine kinase/response regulator  42.06 
 
 		 551 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.406466  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0898  sensor histidine kinase/response regulator  43.5 
 
 		 537 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.535257  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4203  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 520 aa  354  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3605  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.27 
 
 		 610 aa  299  9e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.796778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2327  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.02 
 
 		 591 aa  289  9e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000693405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0992  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 		 662 aa  213  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 1172 aa  213  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 		 1170 aa  208  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 571 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  34.93 
 
 		 1159 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  34.85 
 
 		 1159 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.81 
 
 		 1172 aa  204  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2571  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 634 aa  202  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0964097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 		 1177 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  34.67 
 
 		 1169 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.98 
 
 		 1146 aa  199  9e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.53 
 
 		 1156 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 		 1169 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 		 1146 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 		 1316 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 		 1146 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  31.68 
 
 		 1157 aa  198  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  33.16 
 
 		 1169 aa  198  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38970  putative two-component sensor  31.82 
 
 		 881 aa  198  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.687207  normal  0.985828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 		 1169 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  32.97 
 
 		 1145 aa  196  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.96 
 
 		 1163 aa  196  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  33.51 
 
 		 1161 aa  195  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0340  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 816 aa  194  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 		 1174 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1168 aa  194  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 		 1166 aa  193  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.26 
 
 		 1158 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1150  signal transduction histidine kinase-like protein  33.88 
 
 		 609 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 		 1171 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3319  putative two-component sensor  31.02 
 
 		 868 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 817 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 		 1159 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  30.43 
 
 		 1156 aa  190  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0554  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 675 aa  190  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.71067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1972  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.77 
 
 		 574 aa  190  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0539187 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  31.38 
 
 		 1142 aa  189  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1871  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 856 aa  189  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.15 
 
 		 1146 aa  189  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.98 
 
 		 1145 aa  189  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.61 
 
 		 1140 aa  189  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1814  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.96 
 
 		 662 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 		 1146 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  31.88 
 
 		 1146 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0082  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 		 866 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0375698  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 		 1159 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 		 1146 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5115  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 		 609 aa  189  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0345398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 		 1159 aa  188  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1575  histidine kinase  35.11 
 
 		 777 aa  188  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.179984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  32.1 
 
 		 1141 aa  187  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 1169 aa  187  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0510  histidine kinase  34.22 
 
 		 629 aa  187  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.302748  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 		 1159 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.17 
 
 		 1161 aa  186  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 1158 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 		 1169 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 		 1167 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3301  putative two-component sensor  32 
 
 		 577 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15238  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3356  histidine kinase  36.36 
 
 		 633 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 		 635 aa  183  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2688  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 589 aa  183  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 1140 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0699  signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 		 744 aa  182  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324444  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2172  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 		 645 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  31.04 
 
 		 1174 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2939  histidine kinase  33.79 
 
 		 447 aa  182  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.012617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2664  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 655 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4849  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 		 655 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0479308  normal  0.0448623 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3756  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.16 
 
 		 672 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.866154  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 		 1145 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2340  histidine kinase  31.73 
 
 		 487 aa  179  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.266723 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3169  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  31.22 
 
 		 1445 aa  179  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.44 
 
 		 1140 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1882  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.97 
 
 		 854 aa  178  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.9 
 
 		 883 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301068 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5840  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.44 
 
 		 621 aa  178  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481716  hitchhiker  0.00124548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 		 1152 aa  177  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3079  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.22 
 
 		 556 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4194  histidine kinase  32.53 
 
 		 452 aa  176  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.100725  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4855  putative two-component hybrid histidine kinase, periplasmic sensor  30.69 
 
 		 591 aa  176  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.268249  normal  0.362022 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2537  fused sensor protein/response regulator  27.73 
 
 		 842 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  34.66 
 
 		 881 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.36 
 
 		 880 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  31.18 
 
 		 1150 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0459  regulator of pathogenicity factors  28.4 
 
 		 717 aa  173  5.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 		 1168 aa  173  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>