123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2181 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  100 
 
 		 329 aa  626  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1158  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  42.99 
 
 		 329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.846378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0504  HupK  34.87 
 
 		 270 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3367  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  32.65 
 
 		 270 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.391965 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2155  HupK  34.87 
 
 		 270 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.127907 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  35.35 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3106  HupK  30.64 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.628354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  29.19 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.43 
 
 		 505 aa  66.6  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.1 
 
 		 488 aa  67  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.37 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  30.9 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.7 
 
 		 496 aa  62.8  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.84 
 
 		 485 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.54 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3763  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  37.67 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 		 481 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1636  putative dehydrogenase protein  28.04 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  43.53 
 
 		 406 aa  59.7  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  28.39 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.43 
 
 		 540 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.23 
 
 		 535 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.79 
 
 		 482 aa  57.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.3 
 
 		 484 aa  55.8  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  28.85 
 
 		 485 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  27.45 
 
 		 479 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.03 
 
 		 485 aa  54.7  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7257  HupK protein  43.04 
 
 		 336 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.53403  normal  0.383588 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.8 
 
 		 477 aa  54.3  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  28.86 
 
 		 391 aa  53.5  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.58 
 
 		 439 aa  53.9  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  34.04 
 
 		 535 aa  53.5  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  34.23 
 
 		 370 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  26.88 
 
 		 532 aa  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.98 
 
 		 531 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.98 
 
 		 531 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1804  putative dehydrogenase protein  28.38 
 
 		 295 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0688891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  26.88 
 
 		 532 aa  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.92 
 
 		 480 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.12 
 
 		 509 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.17 
 
 		 532 aa  50.4  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.33 
 
 		 534 aa  50.1  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.25 
 
 		 536 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.9 
 
 		 475 aa  50.1  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 		 465 aa  49.7  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0441  hypothetical protein  30.77 
 
 		 397 aa  49.7  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.09 
 
 		 545 aa  49.3  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.35 
 
 		 596 aa  49.3  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  28.36 
 
 		 567 aa  49.3  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.35 
 
 		 531 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.99 
 
 		 571 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.19 
 
 		 470 aa  48.1  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.6 
 
 		 578 aa  48.1  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1644  putative dehydrogenase protein  28.04 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1703  putative ATP/GTP-binding protein  27.7 
 
 		 295 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.67 
 
 		 558 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.23 
 
 		 554 aa  47.8  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.36 
 
 		 513 aa  47.4  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.87 
 
 		 531 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1639  putative dehydrogenase protein  27.46 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0272996  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  36.59 
 
 		 475 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  33.77 
 
 		 572 aa  47  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.79 
 
 		 566 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  35.71 
 
 		 475 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.76 
 
 		 567 aa  47  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35 
 
 		 572 aa  46.6  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.72 
 
 		 549 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.32 
 
 		 567 aa  46.6  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.13 
 
 		 567 aa  46.6  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  23.3 
 
 		 548 aa  46.2  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.19 
 
 		 547 aa  46.2  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25 
 
 		 567 aa  46.2  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.82 
 
 		 568 aa  46.2  0.0007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  36.96 
 
 		 570 aa  46.2  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25 
 
 		 567 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25 
 
 		 567 aa  46.2  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25 
 
 		 567 aa  46.2  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.45 
 
 		 481 aa  46.2  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  26.56 
 
 		 568 aa  46.2  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.09 
 
 		 485 aa  46.2  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.47 
 
 		 572 aa  45.8  0.0009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  26.76 
 
 		 526 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.07 
 
 		 567 aa  45.8  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.77 
 
 		 566 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.07 
 
 		 567 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.07 
 
 		 567 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.13 
 
 		 546 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.07 
 
 		 567 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35 
 
 		 572 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.12 
 
 		 562 aa  45.4  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.53 
 
 		 604 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  27.08 
 
 		 532 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.52 
 
 		 570 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.59 
 
 		 481 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.28 
 
 		 571 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.01 
 
 		 567 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.07 
 
 		 619 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.73 
 
 		 567 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.17 
 
 		 618 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2023  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.31 
 
 		 438 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.113638 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>