46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7257 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010627  Bphy_7257  HupK protein  100 
 
 		 336 aa  663    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.53403  normal  0.383588 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  29.86 
 
 		 388 aa  69.3  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1158  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  45.21 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.846378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  29.07 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  26.3 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1636  putative dehydrogenase protein  26.4 
 
 		 295 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  32.31 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  41.11 
 
 		 406 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  43.04 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.56 
 
 		 469 aa  53.9  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  40.7 
 
 		 456 aa  53.5  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  42.17 
 
 		 455 aa  53.1  0.000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  24.45 
 
 		 379 aa  52.8  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.38 
 
 		 477 aa  52.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0084  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  42.11 
 
 		 455 aa  51.6  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0042117  normal  0.0638209 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2023  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.46 
 
 		 438 aa  51.6  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.113638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1287  hypothetical protein  25.76 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3980  hypothetical protein  37.08 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0479  coenzyme F420 hydrogenase  39.73 
 
 		 437 aa  48.5  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.654505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.14 
 
 		 455 aa  48.5  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.66 
 
 		 488 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1644  putative dehydrogenase protein  26.09 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.58 
 
 		 465 aa  47.8  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1703  putative ATP/GTP-binding protein  25.78 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4563  hypothetical protein  43.42 
 
 		 368 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1639  putative dehydrogenase protein  25.47 
 
 		 295 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0272996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50500  hydrogenase expression/formation protein HoxV  35.56 
 
 		 348 aa  47.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.102569  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1804  putative dehydrogenase protein  26.09 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0688891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.46 
 
 		 485 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  40 
 
 		 496 aa  46.6  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0920  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like protein  21.79 
 
 		 379 aa  45.8  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.36 
 
 		 485 aa  45.8  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.56 
 
 		 472 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  25.57 
 
 		 391 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1164  hydrogenase expression/formation  37.04 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0669591  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  42.67 
 
 		 475 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  42.67 
 
 		 475 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  35.71 
 
 		 593 aa  45.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  37.18 
 
 		 485 aa  44.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.59 
 
 		 439 aa  43.5  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  33.71 
 
 		 370 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.33 
 
 		 597 aa  43.1  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  31.65 
 
 		 548 aa  42.7  0.008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32 
 
 		 569 aa  42.7  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  30 
 
 		 596 aa  42.4  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.95 
 
 		 572 aa  42.4  0.01  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>