276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1942 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  60.59 
 
 
593 aa  745    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  75.72 
 
 
600 aa  971    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  70.3 
 
 
602 aa  893    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  72.91 
 
 
601 aa  941    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  100 
 
 
597 aa  1243    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  80.4 
 
 
597 aa  1040    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  69.31 
 
 
598 aa  881    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  69.2 
 
 
596 aa  875    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  69.31 
 
 
598 aa  881    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  68.97 
 
 
598 aa  877    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.38 
 
 
596 aa  340  5.9999999999999996e-92  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.54 
 
 
638 aa  310  4e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.81 
 
 
638 aa  300  5e-80  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.02 
 
 
638 aa  297  3e-79  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.69 
 
 
638 aa  293  8e-78  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  28.09 
 
 
745 aa  204  3e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 
566 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  26.44 
 
 
567 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  26.91 
 
 
518 aa  178  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.94 
 
 
481 aa  178  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.57 
 
 
526 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.04 
 
 
526 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.16 
 
 
568 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.89 
 
 
546 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.71 
 
 
566 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.89 
 
 
567 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.52 
 
 
526 aa  174  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.89 
 
 
567 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.89 
 
 
567 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  26.89 
 
 
567 aa  172  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.05 
 
 
567 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.5 
 
 
566 aa  172  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.51 
 
 
568 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.99 
 
 
566 aa  171  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.51 
 
 
567 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.05 
 
 
570 aa  171  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  27.51 
 
 
570 aa  170  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.51 
 
 
567 aa  170  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.39 
 
 
567 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.48 
 
 
595 aa  169  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.59 
 
 
572 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.46 
 
 
514 aa  167  4e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.51 
 
 
619 aa  167  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.93 
 
 
570 aa  167  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.09 
 
 
567 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.72 
 
 
597 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.93 
 
 
567 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.57 
 
 
572 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.93 
 
 
567 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.78 
 
 
578 aa  166  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.93 
 
 
567 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  26.81 
 
 
596 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.06 
 
 
567 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.1 
 
 
572 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.14 
 
 
567 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.55 
 
 
569 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.55 
 
 
545 aa  164  4.0000000000000004e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  25.9 
 
 
572 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.9 
 
 
597 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  26.85 
 
 
568 aa  163  9e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.5 
 
 
572 aa  163  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.9 
 
 
567 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  26.73 
 
 
597 aa  160  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.08 
 
 
618 aa  160  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  26.73 
 
 
597 aa  160  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.73 
 
 
597 aa  160  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  26.73 
 
 
597 aa  160  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  26.73 
 
 
597 aa  160  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  26.73 
 
 
597 aa  160  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  26.73 
 
 
597 aa  160  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.96 
 
 
584 aa  160  8e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.26 
 
 
573 aa  159  9e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.52 
 
 
564 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  26.73 
 
 
597 aa  159  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  26.32 
 
 
596 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  24.68 
 
 
596 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.24 
 
 
517 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.09 
 
 
597 aa  157  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  25.51 
 
 
618 aa  157  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  24.76 
 
 
596 aa  156  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.76 
 
 
596 aa  156  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.03 
 
 
598 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.69 
 
 
600 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.71 
 
 
568 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  26.69 
 
 
600 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  26.69 
 
 
600 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.69 
 
 
600 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.69 
 
 
600 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.08 
 
 
554 aa  155  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.08 
 
 
560 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  26.32 
 
 
567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  26.32 
 
 
567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  26.32 
 
 
567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  26.32 
 
 
567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.52 
 
 
488 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.63 
 
 
559 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  26.16 
 
 
567 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.92 
 
 
560 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.52 
 
 
488 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.32 
 
 
567 aa  153  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>