264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2492 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  100 
 
 		 596 aa  1240    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  69.2 
 
 		 597 aa  862    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  71.28 
 
 		 600 aa  914    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  61.23 
 
 		 593 aa  751    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  79.39 
 
 		 602 aa  996    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  76.91 
 
 		 598 aa  964    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  76.91 
 
 		 598 aa  964    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  70.36 
 
 		 597 aa  886    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  70.71 
 
 		 601 aa  877    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  76.91 
 
 		 598 aa  964    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.5 
 
 		 596 aa  340  4e-92  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.69 
 
 		 638 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.91 
 
 		 638 aa  301  3e-80  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.39 
 
 		 638 aa  297  3e-79  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.76 
 
 		 638 aa  296  8e-79  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  27.41 
 
 		 745 aa  212  1e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.46 
 
 		 481 aa  196  8.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.92 
 
 		 570 aa  179  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  26.28 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.72 
 
 		 597 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.39 
 
 		 570 aa  174  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.16 
 
 		 595 aa  173  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.79 
 
 		 597 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.05 
 
 		 514 aa  171  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.35 
 
 		 578 aa  171  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.64 
 
 		 526 aa  169  9e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  169  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.53 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  26.32 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  168  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  26.32 
 
 		 597 aa  169  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  26.44 
 
 		 596 aa  167  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.55 
 
 		 458 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  25.17 
 
 		 572 aa  165  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.74 
 
 		 572 aa  164  3e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.46 
 
 		 566 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  27.33 
 
 		 570 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.81 
 
 		 485 aa  164  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  27.87 
 
 		 526 aa  163  7e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  26.69 
 
 		 597 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.53 
 
 		 526 aa  161  3e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.34 
 
 		 569 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.39 
 
 		 573 aa  161  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.88 
 
 		 570 aa  160  8e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  25.82 
 
 		 567 aa  160  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.06 
 
 		 598 aa  160  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.11 
 
 		 572 aa  159  1e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.89 
 
 		 566 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  26.27 
 
 		 596 aa  159  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  26.56 
 
 		 596 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.64 
 
 		 597 aa  158  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.56 
 
 		 596 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.2 
 
 		 566 aa  158  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.14 
 
 		 567 aa  158  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.76 
 
 		 596 aa  158  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.19 
 
 		 546 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.04 
 
 		 568 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  25.96 
 
 		 596 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.08 
 
 		 597 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.05 
 
 		 596 aa  157  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.49 
 
 		 572 aa  157  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.44 
 
 		 568 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.29 
 
 		 572 aa  156  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  26.25 
 
 		 545 aa  155  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.53 
 
 		 567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.53 
 
 		 567 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  25.45 
 
 		 567 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.53 
 
 		 567 aa  154  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  27.09 
 
 		 488 aa  154  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  25.42 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  26.21 
 
 		 597 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  26.21 
 
 		 597 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.35 
 
 		 604 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  26.21 
 
 		 597 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  26.21 
 
 		 597 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  25.37 
 
 		 567 aa  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  26.05 
 
 		 597 aa  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.22 
 
 		 560 aa  153  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.22 
 
 		 567 aa  153  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.28 
 
 		 559 aa  153  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  26.17 
 
 		 585 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.17 
 
 		 585 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  25.29 
 
 		 567 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27 
 
 		 572 aa  152  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  25.29 
 
 		 567 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.44 
 
 		 567 aa  152  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  25.29 
 
 		 567 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  25.29 
 
 		 567 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  25.29 
 
 		 567 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>