281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2625 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  77.18 
 
 		 601 aa  998    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  72.91 
 
 		 598 aa  934    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  100 
 
 		 600 aa  1253    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  71.28 
 
 		 596 aa  914    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  77.91 
 
 		 597 aa  993    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  75.72 
 
 		 597 aa  957    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  72.91 
 
 		 598 aa  936    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  72 
 
 		 602 aa  933    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  65.97 
 
 		 593 aa  797    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  72.91 
 
 		 598 aa  936    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.71 
 
 		 596 aa  352  1e-95  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.44 
 
 		 638 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.65 
 
 		 638 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.12 
 
 		 638 aa  303  5.000000000000001e-81  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.44 
 
 		 638 aa  302  1e-80  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.82 
 
 		 481 aa  203  8e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  27.16 
 
 		 745 aa  198  2.0000000000000003e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  27.92 
 
 		 518 aa  192  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.36 
 
 		 514 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.92 
 
 		 566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.58 
 
 		 546 aa  181  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  28.57 
 
 		 526 aa  180  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.67 
 
 		 526 aa  180  9e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  26.72 
 
 		 570 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.73 
 
 		 568 aa  174  5.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.31 
 
 		 569 aa  174  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.15 
 
 		 526 aa  173  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.2 
 
 		 566 aa  172  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.69 
 
 		 570 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  26.15 
 
 		 567 aa  172  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.16 
 
 		 488 aa  173  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.42 
 
 		 485 aa  172  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.72 
 
 		 566 aa  172  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  27.92 
 
 		 572 aa  171  3e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.81 
 
 		 458 aa  171  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.76 
 
 		 570 aa  170  7e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.86 
 
 		 572 aa  170  9e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.52 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  28.32 
 
 		 568 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.59 
 
 		 566 aa  169  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.87 
 
 		 572 aa  168  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.78 
 
 		 568 aa  167  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.14 
 
 		 564 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.95 
 
 		 572 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.67 
 
 		 573 aa  165  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.45 
 
 		 595 aa  165  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.61 
 
 		 572 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.96 
 
 		 578 aa  163  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.08 
 
 		 554 aa  163  7e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.08 
 
 		 475 aa  162  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.94 
 
 		 560 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  26.91 
 
 		 596 aa  162  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  25.92 
 
 		 596 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.29 
 
 		 567 aa  162  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.45 
 
 		 545 aa  162  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.92 
 
 		 596 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  26.53 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.04 
 
 		 567 aa  161  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25.74 
 
 		 585 aa  161  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  28.21 
 
 		 488 aa  161  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.74 
 
 		 585 aa  161  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.04 
 
 		 559 aa  160  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.08 
 
 		 600 aa  160  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.45 
 
 		 570 aa  160  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.08 
 
 		 600 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.08 
 
 		 600 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.08 
 
 		 600 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  27.08 
 
 		 600 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.36 
 
 		 597 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.91 
 
 		 567 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.2 
 
 		 567 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.2 
 
 		 567 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.79 
 
 		 567 aa  159  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.2 
 
 		 567 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.88 
 
 		 566 aa  159  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  26.16 
 
 		 596 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.63 
 
 		 597 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  25.52 
 
 		 597 aa  156  8e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  25.72 
 
 		 596 aa  157  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  25.45 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.45 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.76 
 
 		 559 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.76 
 
 		 572 aa  156  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.05 
 
 		 567 aa  156  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  25.45 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  25.97 
 
 		 559 aa  156  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  25.45 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  25.45 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.7 
 
 		 597 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.7 
 
 		 549 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  25.45 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.19 
 
 		 517 aa  155  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.7 
 
 		 567 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.85 
 
 		 619 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  25.45 
 
 		 597 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.71 
 
 		 598 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  25.89 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  25.89 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  25.89 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  25.89 
 
 		 567 aa  154  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>