More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1578 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  83.39 
 
 
638 aa  1118    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
638 aa  1326    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  83.07 
 
 
638 aa  1127    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  82.45 
 
 
638 aa  1121    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.32 
 
 
596 aa  614  9.999999999999999e-175  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  34.61 
 
 
593 aa  347  4e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  34.2 
 
 
597 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  33.44 
 
 
600 aa  309  1.0000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  32.96 
 
 
601 aa  308  2.0000000000000002e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.57 
 
 
598 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.57 
 
 
598 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.57 
 
 
598 aa  306  7e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.69 
 
 
596 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  33.55 
 
 
602 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.54 
 
 
597 aa  303  5.000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  28.27 
 
 
745 aa  206  1e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.68 
 
 
570 aa  151  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.73 
 
 
560 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.04 
 
 
570 aa  147  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.57 
 
 
573 aa  146  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  25.23 
 
 
559 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.48 
 
 
559 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  23.67 
 
 
573 aa  141  3.9999999999999997e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.08 
 
 
566 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.88 
 
 
567 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  25.68 
 
 
518 aa  137  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  25.2 
 
 
526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.96 
 
 
546 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.81 
 
 
618 aa  136  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.57 
 
 
567 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25 
 
 
596 aa  134  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.7 
 
 
595 aa  133  7.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  25.27 
 
 
567 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.88 
 
 
584 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.25 
 
 
619 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  24.92 
 
 
526 aa  132  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.04 
 
 
526 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  24.65 
 
 
567 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0713  Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  24.46 
 
 
571 aa  129  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  24.88 
 
 
597 aa  128  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  24.96 
 
 
600 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  24.96 
 
 
600 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.23 
 
 
567 aa  127  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  24.96 
 
 
600 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  24.96 
 
 
600 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  24.96 
 
 
600 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.73 
 
 
568 aa  127  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  24.88 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.88 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  24.88 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  24.88 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  24.88 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.65 
 
 
597 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  24.23 
 
 
597 aa  126  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  25.15 
 
 
573 aa  126  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  24.88 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  24.88 
 
 
597 aa  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  24.23 
 
 
597 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  24.23 
 
 
597 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  24.23 
 
 
597 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.54 
 
 
567 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  24.23 
 
 
597 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.76 
 
 
531 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.38 
 
 
568 aa  124  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  23.36 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  23.36 
 
 
567 aa  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.12 
 
 
598 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.42 
 
 
567 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.33 
 
 
566 aa  120  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.27 
 
 
567 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  23.92 
 
 
596 aa  120  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.27 
 
 
567 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.27 
 
 
567 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0459  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  25.82 
 
 
571 aa  118  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.000000000643457  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.11 
 
 
567 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1402  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  25.86 
 
 
571 aa  117  7.999999999999999e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1282  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  25.67 
 
 
571 aa  117  7.999999999999999e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00216082  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.92 
 
 
598 aa  115  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.52 
 
 
531 aa  113  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.52 
 
 
531 aa  113  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.27 
 
 
531 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.81 
 
 
577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.3 
 
 
597 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0100  aminodeoxychorismate lyase  22.84 
 
 
572 aa  109  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0667384  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.24 
 
 
604 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.85 
 
 
532 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.7 
 
 
562 aa  105  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  23.04 
 
 
532 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  23.49 
 
 
532 aa  102  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  23.49 
 
 
532 aa  102  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.35 
 
 
513 aa  102  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.92 
 
 
487 aa  100  7e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 
488 aa  98.6  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>