More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpen_0592 on replicon NC_008698
Organism: Thermofilum pendens Hrk 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
596 aa  1229    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.32 
 
 
638 aa  630  1e-179  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.63 
 
 
638 aa  595  1e-168  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.63 
 
 
638 aa  593  1e-168  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.95 
 
 
638 aa  592  1e-168  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  37.44 
 
 
600 aa  363  6e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  38.08 
 
 
601 aa  362  1e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  37.54 
 
 
602 aa  361  3e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  36.97 
 
 
597 aa  356  5.999999999999999e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.5 
 
 
596 aa  352  2e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.02 
 
 
598 aa  350  6e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.02 
 
 
598 aa  350  6e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  37.02 
 
 
598 aa  348  2e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  36.12 
 
 
593 aa  343  5e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.38 
 
 
597 aa  337  5e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  30.34 
 
 
745 aa  216  8e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  29.61 
 
 
526 aa  187  5e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  28.32 
 
 
526 aa  180  8e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.08 
 
 
526 aa  176  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.64 
 
 
570 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.18 
 
 
560 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  27.12 
 
 
518 aa  171  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.77 
 
 
570 aa  171  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.92 
 
 
567 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.81 
 
 
481 aa  166  8e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.42 
 
 
559 aa  165  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.67 
 
 
559 aa  164  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.65 
 
 
517 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.74 
 
 
546 aa  160  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.98 
 
 
578 aa  160  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.43 
 
 
560 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  26.77 
 
 
568 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.88 
 
 
570 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.31 
 
 
573 aa  159  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.19 
 
 
584 aa  158  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.34 
 
 
569 aa  158  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.45 
 
 
559 aa  157  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.82 
 
 
566 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.27 
 
 
566 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.53 
 
 
549 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.13 
 
 
597 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.49 
 
 
619 aa  154  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  25.48 
 
 
573 aa  154  4e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.88 
 
 
567 aa  154  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.77 
 
 
567 aa  153  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.34 
 
 
567 aa  153  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.77 
 
 
567 aa  153  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.77 
 
 
567 aa  153  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.5 
 
 
571 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.89 
 
 
597 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.36 
 
 
571 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  26.99 
 
 
597 aa  152  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.34 
 
 
618 aa  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.11 
 
 
566 aa  150  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.46 
 
 
567 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.99 
 
 
531 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.26 
 
 
567 aa  150  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.99 
 
 
531 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  26.81 
 
 
567 aa  150  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.92 
 
 
572 aa  150  6e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0713  Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  26.39 
 
 
571 aa  150  6e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.84 
 
 
572 aa  150  7e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  25.74 
 
 
567 aa  150  8e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.62 
 
 
567 aa  150  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  25.64 
 
 
618 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.24 
 
 
564 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  27.16 
 
 
585 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.79 
 
 
485 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.16 
 
 
585 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  24.19 
 
 
535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  25.8 
 
 
596 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.05 
 
 
595 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.12 
 
 
572 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.93 
 
 
568 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.83 
 
 
567 aa  147  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  26.91 
 
 
573 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.22 
 
 
604 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.51 
 
 
545 aa  147  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  26.71 
 
 
597 aa  147  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.98 
 
 
458 aa  147  8.000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.4 
 
 
566 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25 
 
 
596 aa  146  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.44 
 
 
531 aa  146  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  25 
 
 
596 aa  146  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.39 
 
 
568 aa  146  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.2 
 
 
572 aa  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  26.71 
 
 
597 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  26.71 
 
 
597 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  26.55 
 
 
597 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  26.71 
 
 
597 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  24.96 
 
 
597 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25.27 
 
 
600 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  24.96 
 
 
597 aa  145  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25.27 
 
 
600 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  25.27 
 
 
600 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  24.96 
 
 
597 aa  145  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  24.96 
 
 
597 aa  145  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  25.27 
 
 
600 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  24.96 
 
 
597 aa  145  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25.27 
 
 
600 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>