230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0945 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  100 
 
 
745 aa  1536    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.7 
 
 
602 aa  219  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.25 
 
 
598 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.25 
 
 
598 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.1 
 
 
598 aa  213  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.41 
 
 
596 aa  212  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.34 
 
 
596 aa  212  2e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.5 
 
 
601 aa  212  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.27 
 
 
638 aa  206  2e-51  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.66 
 
 
597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  25.61 
 
 
593 aa  199  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  27.16 
 
 
600 aa  198  3e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  27.09 
 
 
597 aa  194  4e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.82 
 
 
638 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.12 
 
 
638 aa  180  7e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.08 
 
 
638 aa  180  7e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.47 
 
 
597 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.38 
 
 
597 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.42 
 
 
570 aa  81.6  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.94 
 
 
570 aa  80.9  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  22.47 
 
 
600 aa  78.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  22.34 
 
 
618 aa  76.6  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  22.09 
 
 
596 aa  75.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  25.32 
 
 
526 aa  73.9  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.48 
 
 
618 aa  73.9  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.47 
 
 
619 aa  71.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.89 
 
 
526 aa  71.2  0.00000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  24.89 
 
 
526 aa  71.2  0.00000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  26.36 
 
 
554 aa  68.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  26.19 
 
 
573 aa  68.6  0.0000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.69 
 
 
531 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.61 
 
 
584 aa  66.6  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.69 
 
 
531 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.73 
 
 
566 aa  65.5  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1282  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  25 
 
 
571 aa  65.5  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00216082  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  26.82 
 
 
597 aa  65.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.42 
 
 
564 aa  65.1  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.47 
 
 
567 aa  64.7  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.21 
 
 
517 aa  64.7  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.39 
 
 
532 aa  64.7  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  20.94 
 
 
572 aa  64.7  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  26.82 
 
 
597 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  26.82 
 
 
597 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  26.82 
 
 
597 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  26.82 
 
 
597 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1402  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  25 
 
 
571 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.05 
 
 
577 aa  63.5  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0459  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  24.6 
 
 
571 aa  63.2  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.000000000643457  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.65 
 
 
605 aa  62.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.04 
 
 
549 aa  62.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.9 
 
 
549 aa  62.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  23.9 
 
 
568 aa  62.4  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.76 
 
 
547 aa  62.4  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  24.07 
 
 
559 aa  62.4  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.07 
 
 
559 aa  62  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  23.69 
 
 
518 aa  61.6  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.5 
 
 
578 aa  61.6  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.39 
 
 
569 aa  61.2  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0100  aminodeoxychorismate lyase  26.86 
 
 
572 aa  61.2  0.00000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0667384  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.9 
 
 
604 aa  60.8  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  23.63 
 
 
567 aa  60.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0053  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.66 
 
 
633 aa  59.3  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000725575  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  30.73 
 
 
602 aa  60.1  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  24.32 
 
 
573 aa  59.3  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0713  Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  24.21 
 
 
571 aa  59.7  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  22.26 
 
 
567 aa  59.7  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.34 
 
 
567 aa  58.9  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.34 
 
 
567 aa  58.9  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  36.59 
 
 
535 aa  58.9  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.63 
 
 
567 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.63 
 
 
567 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.63 
 
 
567 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.09 
 
 
488 aa  58.9  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.34 
 
 
567 aa  58.9  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.14 
 
 
567 aa  59.3  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.9 
 
 
509 aa  58.9  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.29 
 
 
596 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.34 
 
 
567 aa  58.5  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.5 
 
 
572 aa  58.5  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.03 
 
 
481 aa  58.5  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.95 
 
 
567 aa  58.5  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.51 
 
 
568 aa  58.5  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.73 
 
 
513 aa  58.5  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.12 
 
 
569 aa  58.9  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  24.79 
 
 
545 aa  58.5  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.92 
 
 
566 aa  58.5  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.54 
 
 
597 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  27.54 
 
 
597 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  27.54 
 
 
597 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  27.54 
 
 
597 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  27.54 
 
 
597 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.9 
 
 
560 aa  58.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>