298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_1298 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1578  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  83.39 
 
 
638 aa  1118    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1298  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
638 aa  1325    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0407  nickel-dependent hydrogenase large subunit  84.8 
 
 
638 aa  1161    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.781594  normal  0.0807519 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0197  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  83.86 
 
 
638 aa  1150    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0283036 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0592  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.95 
 
 
596 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  33.93 
 
 
593 aa  330  5.0000000000000004e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4594  Cytochrome-c3 hydrogenase  32.84 
 
 
597 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2625  cytochrome-c3 hydrogenase  33.12 
 
 
600 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.712826 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.85 
 
 
598 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.85 
 
 
598 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2492  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.91 
 
 
596 aa  301  4e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.44509  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3814  Cytochrome-c3 hydrogenase  32.48 
 
 
602 aa  301  4e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.344269  normal  0.0147903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.85 
 
 
598 aa  300  7e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  31.41 
 
 
601 aa  297  4e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1942  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.95 
 
 
597 aa  286  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0945  Ni Fe-hydrogenase I large subunit-like protein  27.82 
 
 
745 aa  186  1.0000000000000001e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  26.28 
 
 
559 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.32 
 
 
559 aa  147  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.48 
 
 
570 aa  146  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.57 
 
 
618 aa  146  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.54 
 
 
549 aa  143  9e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.56 
 
 
570 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.54 
 
 
546 aa  140  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  25.89 
 
 
618 aa  140  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.04 
 
 
596 aa  140  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  24.4 
 
 
573 aa  140  7.999999999999999e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  24.57 
 
 
518 aa  139  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.11 
 
 
559 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.57 
 
 
567 aa  137  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25 
 
 
566 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.13 
 
 
619 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.21 
 
 
569 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.77 
 
 
573 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.9 
 
 
604 aa  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.69 
 
 
458 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  25 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  25 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  25 
 
 
600 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.26 
 
 
584 aa  130  6e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  25.15 
 
 
567 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.38 
 
 
597 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.49 
 
 
481 aa  127  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.85 
 
 
567 aa  127  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  23.81 
 
 
597 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.81 
 
 
597 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  23.81 
 
 
597 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  23.81 
 
 
597 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  23.81 
 
 
597 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  23.81 
 
 
597 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.84 
 
 
514 aa  126  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  23.81 
 
 
597 aa  126  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  24.7 
 
 
567 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  24.66 
 
 
573 aa  125  2e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.08 
 
 
571 aa  125  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.27 
 
 
568 aa  125  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.71 
 
 
596 aa  124  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  23.71 
 
 
596 aa  124  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.16 
 
 
597 aa  124  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  25 
 
 
597 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  25.04 
 
 
568 aa  123  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  25 
 
 
597 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.13 
 
 
596 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  24.14 
 
 
596 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  24.85 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  24.85 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.82 
 
 
568 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  25 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  24.43 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.96 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.69 
 
 
571 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  25.3 
 
 
567 aa  120  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  25.72 
 
 
568 aa  120  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.99 
 
 
598 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0713  Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  24.1 
 
 
571 aa  117  6e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.81 
 
 
569 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  23.79 
 
 
554 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.54 
 
 
605 aa  115  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0459  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  25.41 
 
 
571 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.000000000643457  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.13 
 
 
531 aa  107  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0100  aminodeoxychorismate lyase  22.95 
 
 
572 aa  107  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0667384  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.04 
 
 
531 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.04 
 
 
531 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.84 
 
 
488 aa  100  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  22.96 
 
 
596 aa  99.8  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.64 
 
 
531 aa  99.4  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  24.68 
 
 
488 aa  97.8  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  23.54 
 
 
485 aa  97.4  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.04 
 
 
509 aa  95.9  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.08 
 
 
488 aa  96.3  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29 
 
 
487 aa  95.5  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.26 
 
 
545 aa  95.5  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>