More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6265 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  80.39 
 
 		 440 aa  716    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 443 aa  922    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1317  extracellular solute-binding protein  59.75 
 
 		 426 aa  532  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.12099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 420 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 420 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 419 aa  100  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  29.15 
 
 		 417 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 419 aa  98.2  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 424 aa  97.4  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 441 aa  94.4  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 421 aa  90.1  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  28.16 
 
 		 410 aa  89.7  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  26.2 
 
 		 448 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 441 aa  87.4  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0913  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 		 441 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 408 aa  84.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  25.65 
 
 		 413 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 435 aa  83.6  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 408 aa  82.4  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  30.63 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 		 427 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  29.67 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 420 aa  79  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 		 442 aa  78.6  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  28.63 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.19 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1453  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0104666  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 		 434 aa  76.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  24.74 
 
 		 441 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 466 aa  75.5  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 442 aa  74.7  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  24.17 
 
 		 435 aa  74.3  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.3 
 
 		 441 aa  74.3  0.000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 		 434 aa  73.9  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 451 aa  73.6  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 428 aa  73.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 412 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 412 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  27.02 
 
 		 431 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  24.49 
 
 		 419 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 427 aa  71.6  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.1 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1963  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 449 aa  70.9  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.734467  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  26.29 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2502  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 		 493 aa  70.1  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 495 aa  69.7  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  33.85 
 
 		 430 aa  69.7  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 408 aa  67.4  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6971  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 		 431 aa  67  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  23.04 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  23 
 
 		 408 aa  66.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.02 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 		 434 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 423 aa  66.2  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.22 
 
 		 380 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 457 aa  65.5  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  24.88 
 
 		 433 aa  64.3  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  31.21 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1500  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  30.52 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4547  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.909678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0374  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 		 458 aa  63.9  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0240532 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 455 aa  63.9  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 		 441 aa  63.5  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  31.85 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.86 
 
 		 411 aa  62.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 		 414 aa  62.8  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  31.4 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5331  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  23.71 
 
 		 441 aa  62.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 411 aa  63.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2910  ABC alpha-glucoside transporter extracellular solute-binding protein, family 1  25.29 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.320115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>