146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0474 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  100 
 
 		 373 aa  746    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  37.36 
 
 		 427 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.16 
 
 		 427 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  35.16 
 
 		 427 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.16 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  36.26 
 
 		 452 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  34.07 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  32.97 
 
 		 427 aa  55.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  26.89 
 
 		 774 aa  55.8  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  31.87 
 
 		 436 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  31.87 
 
 		 426 aa  53.5  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0956  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 223 aa  53.1  0.000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.504019  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  30.77 
 
 		 427 aa  53.1  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  30.77 
 
 		 427 aa  52.8  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  32.98 
 
 		 229 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1512  two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 226 aa  52  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3872  two component transcriptional regulator  36.14 
 
 		 229 aa  52.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0547348  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1561  two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 226 aa  52  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  31.87 
 
 		 427 aa  51.6  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 229 aa  51.2  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  30.77 
 
 		 427 aa  51.2  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  31.78 
 
 		 294 aa  50.8  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  34.69 
 
 		 219 aa  50.8  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  34.69 
 
 		 219 aa  50.8  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  32.93 
 
 		 772 aa  50.8  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.45 
 
 		 235 aa  50.4  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0119  DNA-binding response regulator  35.35 
 
 		 230 aa  50.4  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1735  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 228 aa  50.4  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  30.48 
 
 		 290 aa  49.7  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  31.25 
 
 		 413 aa  49.7  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4745  DNA-binding response regulator  35.8 
 
 		 232 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4583  DNA-binding response regulator  35.8 
 
 		 232 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.510578  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2765  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 225 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.497538  normal  0.0218205 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6822  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5106  DNA-binding response regulator  35.8 
 
 		 232 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4963  DNA-binding response regulator  35.8 
 
 		 232 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0117  two component transcriptional regulator  36.71 
 
 		 229 aa  48.9  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000111014  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3352  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 225 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  29.91 
 
 		 292 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5010  DNA-binding response regulator  34.57 
 
 		 232 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4605  DNA-binding response regulator  34.57 
 
 		 232 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000523811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  32.26 
 
 		 604 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  24.65 
 
 		 435 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4359  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 229 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 233 aa  48.5  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4991  DNA-binding response regulator  34.57 
 
 		 232 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0867  two component transcriptional regulator  26.98 
 
 		 236 aa  47.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.145735  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0351  DNA-binding response regulator  34.62 
 
 		 230 aa  47.4  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 225 aa  47.4  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 237 aa  47.4  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4473  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3893  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3634  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.966844 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 222 aa  46.6  0.0007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1679  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 224 aa  46.6  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4692  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  46.6  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.41 
 
 		 237 aa  46.2  0.0009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0950  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 238 aa  46.2  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1544  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.98 
 
 		 237 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1961  phosphate regulon response regulator PhoB  31.71 
 
 		 225 aa  45.8  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2924  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 265 aa  46.2  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03590  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  25 
 
 		 226 aa  45.4  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0594239 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4670  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.04 
 
 		 235 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  28.42 
 
 		 223 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0967  response regulator receiver  29.17 
 
 		 229 aa  46.2  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.359698  normal  0.873584 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0114  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  46.2  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.994086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  38.27 
 
 		 232 aa  45.8  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0590  transcriptional regulatory protein, C  37.5 
 
 		 177 aa  45.8  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0904  two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 229 aa  46.2  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0335314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1693  two component transcriptional regulator  27.66 
 
 		 229 aa  46.2  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000234642 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4980  DNA-binding response regulator  34.57 
 
 		 232 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0741  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 216 aa  45.8  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0257  DNA-binding response regulator  34.57 
 
 		 232 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0117449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 395 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0195  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  45.1  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.304768 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0834  DNA-binding response regulator  32.53 
 
 		 225 aa  45.1  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000464203  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 223 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1433  two component transcriptional regulator  33 
 
 		 229 aa  45.1  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.73 
 
 		 229 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3745  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.21 
 
 		 225 aa  45.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.5489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2529  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 232 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00604151 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0871  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 214 aa  45.4  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143126  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 223 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.5 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4944  DNA-binding response regulator  32.91 
 
 		 223 aa  44.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0109954  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4891  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.34 
 
 		 249 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 232 aa  44.7  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3430  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 231 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>