More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4891 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4891  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
249 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2740  two component transcriptional regulator  75 
 
 
231 aa  328  5.0000000000000004e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.307567  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2529  two component transcriptional regulator  74.14 
 
 
232 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00604151 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  49.52 
 
 
227 aa  190  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 
236 aa  185  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1500  two component transcriptional regulator  45.89 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 
242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0308  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.030574  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02061  two-component response regulator  45.89 
 
 
248 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.540525 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.49 
 
 
247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1453  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.952418  normal  0.0249242 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 
243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  44.93 
 
 
242 aa  183  2.0000000000000003e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2384  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 
259 aa  183  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 
237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 
240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26531  two-component response regulator  45.02 
 
 
248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 
235 aa  181  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 
231 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  47.23 
 
 
248 aa  181  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  46.12 
 
 
243 aa  180  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 
225 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 
246 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2416  two component transcriptional regulator  45.89 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0279623 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  46.81 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
252 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  46.38 
 
 
248 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 
227 aa  179  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.06 
 
 
275 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 
243 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 
243 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 
236 aa  178  9e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.78 
 
 
236 aa  178  9e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  46.58 
 
 
248 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 
243 aa  177  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 
230 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 
229 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  45.58 
 
 
227 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 
230 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 
223 aa  176  4e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01621  two-component response regulator  44.89 
 
 
248 aa  175  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.367767  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01481  two-component response regulator  45.78 
 
 
248 aa  175  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01511  two-component response regulator  44.89 
 
 
248 aa  175  5e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01531  two-component response regulator  44.89 
 
 
248 aa  175  7e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0136  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 
248 aa  175  7e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  42.49 
 
 
241 aa  174  9e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 
241 aa  174  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 
234 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 
230 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 
240 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 
239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 
227 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 
236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 
227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 
240 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 
241 aa  172  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1751  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.22 
 
 
234 aa  171  7.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  40 
 
 
223 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 
234 aa  171  7.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  46.02 
 
 
238 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 
223 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.04 
 
 
223 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 
223 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  41.92 
 
 
230 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.62 
 
 
234 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  40.27 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  39.56 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  43.17 
 
 
231 aa  170  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 
261 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  40 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 
232 aa  170  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 
223 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  44 
 
 
242 aa  169  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  39.56 
 
 
223 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 
239 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 
241 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 
237 aa  169  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  43.88 
 
 
233 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 
224 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 
262 aa  169  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 
237 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
238 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.77 
 
 
240 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 
223 aa  169  6e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1759  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 
220 aa  169  6e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1624  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.23 
 
 
278 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 
240 aa  168  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 
235 aa  168  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20711  two-component response regulator  45.15 
 
 
246 aa  168  8e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1196  two component transcriptional regulator  45.15 
 
 
246 aa  168  9e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  41.41 
 
 
226 aa  167  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  42.32 
 
 
243 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 
245 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 
243 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0707  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 
227 aa  167  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.598521  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 
230 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 
241 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>