More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2529 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2529  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  451  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00604151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4891  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.14 
 
 		 249 aa  328  6e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2740  two component transcriptional regulator  68.12 
 
 		 231 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.307567  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  46.52 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 246 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 234 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.58 
 
 		 234 aa  175  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 237 aa  175  7e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  44.92 
 
 		 241 aa  174  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  46.32 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 240 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 		 245 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.47 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.87 
 
 		 240 aa  171  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  43.29 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  43.78 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  47.26 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  41.78 
 
 		 227 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 228 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  45.61 
 
 		 240 aa  168  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  43.16 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 225 aa  167  9e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  45.61 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1424  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00122466  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  45.61 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  45.61 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2094  response regulator receiver  41.23 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2753  transcriptional regulatory protein CpxR  41.33 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000494292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  46.32 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0194  two component transcriptional regulator  47.88 
 
 		 251 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 235 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  39.73 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  41.3 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  39.73 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0328  two component transcriptional regulator  46.44 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 251 aa  165  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 233 aa  166  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 238 aa  165  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  40.87 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0213  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.88 
 
 		 238 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0395409  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 244 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1285  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 234 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.477652  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 226 aa  164  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1362  DNA-binding response regulator  38.26 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0498  DNA-binding response regulator  38.26 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00199813  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1241  DNA-binding response regulator  38.26 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000047717  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  44.98 
 
 		 227 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 241 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1321  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0200617  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01694  two component response regulator transcription regulator protein  45.92 
 
 		 259 aa  162  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0780  two-component response regulator  37.39 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 233 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  39.29 
 
 		 223 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  45.61 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.3 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  42.61 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 234 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 		 233 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.95 
 
 		 237 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.18 
 
 		 259 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 243 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  43.29 
 
 		 241 aa  161  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 241 aa  161  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 226 aa  161  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0275  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 233 aa  161  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1144  DNA-binding response regulator  44.74 
 
 		 240 aa  161  9e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0096  DNA-binding response regulator  44.74 
 
 		 240 aa  161  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0972666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1517  DNA-binding response regulator  44.74 
 
 		 240 aa  161  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.184346  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 233 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  38.84 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2160  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 		 240 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.45 
 
 		 239 aa  159  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1063  response regulator receiver domain-containing protein  38.1 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00754715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>