292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3372 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3372  response regulator receiver protein  100 
 
 		 106 aa  217  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.457029  normal  0.363016 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.14 
 
 		 819 aa  77  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 819 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 		 804 aa  71.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 844 aa  68.2  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0240  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_138  response regulator  33.33 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0131  response regulator  34.04 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  34.88 
 
 		 737 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1262 aa  60.1  0.000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5165  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.33 
 
 		 593 aa  59.7  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.33 
 
 		 952 aa  59.7  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0223  histidine kinase  40.26 
 
 		 647 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.99 
 
 		 842 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1777  response regulator receiver protein  33.7 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 695 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.76 
 
 		 1379 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4350  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 686 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 686 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4373  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 687 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0865062  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1771  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.54 
 
 		 923 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.357218 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4645  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 		 644 aa  54.7  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 		 1258 aa  54.7  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  34.18 
 
 		 1092 aa  54.3  0.0000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1916  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.639162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5807  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 990 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6114  putative PAS/PAC sensor protein  36.9 
 
 		 532 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.249535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 1168 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 		 688 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2543  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 823 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.906632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1360  putative PAS/PAC sensor protein  33.71 
 
 		 536 aa  51.6  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.18 
 
 		 1258 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  34.48 
 
 		 1023 aa  51.2  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2028  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.99 
 
 		 1247 aa  50.8  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.138072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.66 
 
 		 520 aa  50.8  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2983  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.51 
 
 		 1167 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1892  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 		 632 aa  50.1  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.487702  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 461 aa  49.3  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6941  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.02 
 
 		 1169 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0447401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3017  RcsC  36.19 
 
 		 1083 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0658  histidine kinase  32 
 
 		 627 aa  49.7  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  34.95 
 
 		 1084 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1970  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 		 602 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.316288  normal  0.365319 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 		 801 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5744  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 		 510 aa  48.5  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.739341 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2368  putative PAS/PAC sensor protein  34.21 
 
 		 270 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3805  response regulator receiver domain-containing protein  41.51 
 
 		 439 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0970  response regulator receiver  35.53 
 
 		 438 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 1022 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 965 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3846  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.43 
 
 		 860 aa  47.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  57.14 
 
 		 862 aa  47.4  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0625  response regulator receiver protein  30.23 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0484  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.85 
 
 		 847 aa  47  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  54.29 
 
 		 765 aa  47  0.00009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1789  response regulator receiver protein  29.89 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.34666  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4270  histidine kinase  43.4 
 
 		 1175 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0605  response regulator  38.67 
 
 		 536 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 		 1118 aa  46.6  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1267  putative PAS/PAC sensor protein  30.21 
 
 		 849 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0446298  normal  0.4297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.89 
 
 		 720 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3002  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 		 1234 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1101 aa  47  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 		 650 aa  45.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 		 1127 aa  45.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 		 1226 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 		 773 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2200  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 		 848 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00863508  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.67 
 
 		 782 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2289  response regulator receiver protein  31.18 
 
 		 135 aa  45.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0588  ATP-binding region ATPase domain protein  32.65 
 
 		 1068 aa  45.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 653 aa  45.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.78 
 
 		 480 aa  45.4  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3108  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 461 aa  45.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0775  response regulator receiver protein  29.67 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.212366  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 362 aa  45.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0008  sensory box histidine kinase/response regulator  33.67 
 
 		 516 aa  45.1  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2693  response regulator  34.18 
 
 		 128 aa  44.7  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.61 
 
 		 876 aa  44.7  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3262  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  36.36 
 
 		 471 aa  45.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.72 
 
 		 1767 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  32.32 
 
 		 785 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 309 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3749  histidine kinase  42.55 
 
 		 935 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0120  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 		 839 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554495  normal  0.207208 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1832  putative PAS/PAC sensor protein  32.18 
 
 		 543 aa  44.3  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4367  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.71 
 
 		 800 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.522603  normal  0.113968 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  32.89 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2839  GAF(s) sensor(s)-containing protein serine phosphatase  32.63 
 
 		 557 aa  44.3  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  31 
 
 		 818 aa  44.3  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 480 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 		 622 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3472  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 520 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.03 
 
 		 308 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0355  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 198 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.881439  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1676  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 850 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 		 1202 aa  43.9  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2679  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.32 
 
 		 486 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.319369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0352  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 198 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.43 
 
 		 1014 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>