More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2521 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 258 aa  513  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  66.4 
 
 		 263 aa  328  4e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  61.57 
 
 		 266 aa  305  6e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  62.3 
 
 		 257 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  60.94 
 
 		 257 aa  300  2e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  60.48 
 
 		 286 aa  299  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  59.22 
 
 		 256 aa  281  9e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  56 
 
 		 268 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 		 256 aa  251  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  50.6 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  49.41 
 
 		 250 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  49 
 
 		 255 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  48.39 
 
 		 261 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 		 258 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  44.8 
 
 		 264 aa  209  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  44.53 
 
 		 259 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  47.04 
 
 		 254 aa  204  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 		 247 aa  201  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 		 256 aa  198  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 		 251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 		 331 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  45.28 
 
 		 277 aa  195  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 		 272 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 		 258 aa  192  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 		 266 aa  191  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 		 267 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 		 264 aa  188  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  44.67 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  44.31 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 273 aa  164  9e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 		 264 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 		 254 aa  161  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  40.89 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 		 273 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 255 aa  152  8e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  43.31 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  38.31 
 
 		 251 aa  138  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 241 aa  137  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  34.8 
 
 		 250 aa  136  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.162076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 242 aa  132  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  36.03 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  37.35 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.09 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.32 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.32 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  43.32 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.32 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.32 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.32 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 		 252 aa  128  7.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 253 aa  128  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 264 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.91 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  35.46 
 
 		 252 aa  123  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 		 267 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.4 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 		 267 aa  118  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.98 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  36.14 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.8 
 
 		 246 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.8 
 
 		 246 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  32.81 
 
 		 267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  36.14 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  36.14 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0132  putative dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)  32.63 
 
 		 231 aa  113  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0995  pteridine reductase  33.33 
 
 		 267 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0277156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.324662 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.14 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  31.6 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3133  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 		 267 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.95 
 
 		 250 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  33.72 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.79 
 
 		 247 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1961  putative glucose 1-dehydrogenase  33.87 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.536357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>