More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0988 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0988  secretion protein HlyD  100 
 
 		 415 aa  815    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2197  secretion protein HlyD  50.56 
 
 		 446 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1163  efflux transporter  48.23 
 
 		 383 aa  324  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.707562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0171  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 378 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 357 aa  198  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 387 aa  158  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 377 aa  156  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  26 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2743  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2051  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0552963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  31.08 
 
 		 372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0510  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 		 358 aa  140  3e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0586812  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  28.53 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 360 aa  133  6e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0157  hypothetical protein  29.25 
 
 		 366 aa  133  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0868  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.231559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 354 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0216385  normal  0.245234 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4621  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2113  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  30.45 
 
 		 370 aa  109  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0098  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.13 
 
 		 432 aa  92  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  30.21 
 
 		 405 aa  92  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 448 aa  91.7  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 		 426 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 376 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 377 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 438 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 438 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 421 aa  83.2  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 438 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.97 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.55 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.05 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.69 
 
 		 403 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.14 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.72 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 465 aa  78.6  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  26.33 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0108  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 458 aa  76.6  0.0000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  28.79 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 462 aa  76.3  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.76 
 
 		 397 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1914  multidrug ABC transporter membrane-binding protein  28.77 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178909  normal  0.404854 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  25.52 
 
 		 429 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 399 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  31.25 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 448 aa  73.2  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 416 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 416 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  23.96 
 
 		 461 aa  72.4  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 		 392 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  27.97 
 
 		 387 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  31.88 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  27.39 
 
 		 363 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.09 
 
 		 471 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 382 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  23.26 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 418 aa  72  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  28.63 
 
 		 363 aa  72  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  28.16 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.18 
 
 		 400 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  27.97 
 
 		 387 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 409 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  24.76 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  28.18 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 609 aa  71.2  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.48 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  24.72 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>