More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1512 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  100 
 
 		 285 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  66.08 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  60.22 
 
 		 278 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  59.34 
 
 		 277 aa  334  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  57.61 
 
 		 280 aa  330  1e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  58.24 
 
 		 277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  55.31 
 
 		 279 aa  311  6.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  54.21 
 
 		 279 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  53.85 
 
 		 279 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  54.35 
 
 		 278 aa  306  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  52.75 
 
 		 293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  52.38 
 
 		 280 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  52.19 
 
 		 280 aa  296  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  54.58 
 
 		 286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  53.07 
 
 		 281 aa  280  3e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  52.01 
 
 		 302 aa  279  5e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  53.31 
 
 		 281 aa  278  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  50.92 
 
 		 279 aa  276  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  52.28 
 
 		 287 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  45.71 
 
 		 286 aa  265  5e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  44.2 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  45.05 
 
 		 276 aa  232  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  43.22 
 
 		 277 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  43.22 
 
 		 277 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  43.57 
 
 		 284 aa  229  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  39.56 
 
 		 288 aa  202  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  38.79 
 
 		 280 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  38.79 
 
 		 280 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  37.91 
 
 		 300 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  36.24 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  38.71 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  38.71 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  38.71 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  38.77 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  38.77 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  38.63 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  35.91 
 
 		 268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  34.77 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  38.91 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  37.91 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  37.91 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  36.82 
 
 		 278 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  38.27 
 
 		 352 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  40.07 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  32.5 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  37.18 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  36.79 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  36.9 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  38.97 
 
 		 282 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  38.57 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  39.18 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  38.49 
 
 		 337 aa  163  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  40 
 
 		 331 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  35.71 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  39.07 
 
 		 687 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  32.17 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  34.93 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  38.95 
 
 		 298 aa  161  9e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  34.66 
 
 		 310 aa  160  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  34.59 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  37.6 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.91 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  37.64 
 
 		 292 aa  158  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  37.5 
 
 		 397 aa  158  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  37.13 
 
 		 283 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  38.17 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  37.92 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  34.59 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  33.79 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  37.64 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  38.43 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  37.92 
 
 		 282 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  35.07 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  34.53 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  37.31 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  37.13 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  37.13 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  37.13 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  37.13 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  37.13 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  37.13 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  37.92 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  37.74 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  37.87 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  37.87 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  35.46 
 
 		 324 aa  152  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1724  squalene/phytoene synthase  36.86 
 
 		 279 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  0.0688647 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  32.84 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  34.52 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  32.84 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  36.8 
 
 		 282 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  39.68 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  36.8 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  36.8 
 
 		 344 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  34.24 
 
 		 273 aa  149  7e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  36.43 
 
 		 279 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  36.8 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  40.08 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  36.53 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>