More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1943 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1943  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  427  1e-119  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000165319  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0632  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000140472  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  45.69 
 
 		 203 aa  169  3e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  45.18 
 
 		 203 aa  167  7e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  43.15 
 
 		 203 aa  164  9e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  42.64 
 
 		 203 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  43.15 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  43.65 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  41.58 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  42.36 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  42.36 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0343  30S ribosomal protein S4  42.36 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0236416  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  41.09 
 
 		 206 aa  158  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  41.12 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 206 aa  157  8e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  157  9e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  41.62 
 
 		 203 aa  157  9e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  155  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  41.26 
 
 		 200 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 209 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  154  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 207 aa  152  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  43 
 
 		 202 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  41.71 
 
 		 200 aa  152  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0075  ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000794352 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 202 aa  152  5e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  41.29 
 
 		 202 aa  151  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  42.7 
 
 		 208 aa  151  5.9999999999999996e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 207 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  41.21 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  41.21 
 
 		 200 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  42.57 
 
 		 206 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  41.81 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  40.39 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 207 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 208 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3798  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  40.39 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  41 
 
 		 205 aa  148  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  40.49 
 
 		 207 aa  148  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  148  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  40.89 
 
 		 208 aa  148  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  39.02 
 
 		 207 aa  147  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  40.49 
 
 		 207 aa  147  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 206 aa  147  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  39.51 
 
 		 207 aa  147  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3976  30S ribosomal protein S4  40.89 
 
 		 206 aa  147  9e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  45.78 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0418  30S ribosomal protein S4  40.59 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  39.02 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  39.8 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0307  30S ribosomal protein S4  40.3 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  39.5 
 
 		 201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  40.39 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3891  30S ribosomal protein S4  40.3 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000651911  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0394  30S ribosomal protein S4  40.1 
 
 		 206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  39.51 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1110  ribosomal protein S4  41.09 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.087009  normal  0.350174 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  40.2 
 
 		 201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0605  30S ribosomal protein S4  40.3 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000812639  normal  0.600341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  39.71 
 
 		 208 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 207 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  39.41 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  39 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>