More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2197 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 205 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  73.53 
 
 		 208 aa  321  5e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.5 
 
 		 215 aa  297  7e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  67.8 
 
 		 227 aa  296  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.86 
 
 		 208 aa  284  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.86 
 
 		 208 aa  284  8e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.86 
 
 		 208 aa  284  8e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.37 
 
 		 208 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  65.83 
 
 		 204 aa  281  6.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  65.33 
 
 		 204 aa  281  7.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.93 
 
 		 212 aa  267  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  62.63 
 
 		 203 aa  264  5.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  61.31 
 
 		 215 aa  263  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.44 
 
 		 229 aa  262  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.42 
 
 		 229 aa  259  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.93 
 
 		 239 aa  258  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.9 
 
 		 212 aa  257  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.03 
 
 		 218 aa  253  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.32 
 
 		 204 aa  252  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.09 
 
 		 204 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.8 
 
 		 204 aa  251  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.29 
 
 		 204 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.38 
 
 		 208 aa  241  5e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  58.55 
 
 		 222 aa  239  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.44 
 
 		 219 aa  235  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.94 
 
 		 214 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.52 
 
 		 204 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  48.21 
 
 		 204 aa  188  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.63 
 
 		 203 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.15 
 
 		 204 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  45.83 
 
 		 203 aa  180  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.47 
 
 		 203 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  46.35 
 
 		 203 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  45.83 
 
 		 205 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.5 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 212 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 212 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.5 
 
 		 205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.5 
 
 		 205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  43.43 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.7 
 
 		 199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.4 
 
 		 203 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.23 
 
 		 211 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.92 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.71 
 
 		 203 aa  158  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.5 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50 
 
 		 159 aa  147  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  46.77 
 
 		 221 aa  147  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.23 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.15 
 
 		 218 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  40.62 
 
 		 218 aa  139  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  40.72 
 
 		 1433 aa  128  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.57 
 
 		 565 aa  125  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  36.59 
 
 		 1407 aa  111  8.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  41.76 
 
 		 616 aa  109  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.5 
 
 		 1442 aa  109  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.24 
 
 		 921 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  37.5 
 
 		 590 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  38.04 
 
 		 170 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  34.5 
 
 		 180 aa  105  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  40.83 
 
 		 1367 aa  104  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  40.83 
 
 		 1367 aa  104  8e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36 
 
 		 1397 aa  104  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  35.93 
 
 		 168 aa  104  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 		 584 aa  102  5e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.29 
 
 		 252 aa  101  6e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 		 605 aa  101  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  35.8 
 
 		 1444 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.13 
 
 		 462 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  39.87 
 
 		 1426 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  37.8 
 
 		 1388 aa  99.8  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  40.12 
 
 		 601 aa  99.4  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  34.57 
 
 		 1635 aa  99  4e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.55 
 
 		 453 aa  99.4  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 180 aa  99.4  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.1 
 
 		 609 aa  97.1  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  34.73 
 
 		 1402 aa  97.4  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.47 
 
 		 909 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  36.42 
 
 		 1435 aa  97.4  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  36.31 
 
 		 181 aa  97.1  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.08 
 
 		 470 aa  96.7  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  34.34 
 
 		 584 aa  96.7  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  38.82 
 
 		 1440 aa  96.7  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 		 595 aa  97.1  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.53 
 
 		 570 aa  95.9  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.77 
 
 		 449 aa  96.3  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  95.9  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  95.5  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  95.5  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  95.5  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  95.5  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  35.29 
 
 		 1433 aa  95.5  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.21 
 
 		 769 aa  95.5  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  34.71 
 
 		 1433 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 		 476 aa  95.1  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  34.71 
 
 		 1433 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  40 
 
 		 566 aa  94.7  8e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  39.39 
 
 		 315 aa  94.7  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.78 
 
 		 631 aa  94.7  9e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  39.39 
 
 		 315 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>