More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4901 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4901  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  543  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.296075  normal  0.244529 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 231 aa  90.1  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 240 aa  89.4  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 218 aa  89  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 253 aa  83.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 		 252 aa  82.4  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 242 aa  80.1  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 242 aa  80.1  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 		 219 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 219 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 242 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  27.31 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26.85 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  30.88 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2120  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 229 aa  72  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 218 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 212 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  28.45 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.91 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  28.22 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4590  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356738  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  23.18 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 219 aa  68.6  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  27.75 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  27.46 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  29.39 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>