More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1945 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  479  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 231 aa  245  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 248 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 248 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  42.86 
 
 		 248 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  40.17 
 
 		 241 aa  174  9e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.85 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.73 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  41 
 
 		 249 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 246 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 222 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.72 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 262 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  37.75 
 
 		 251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  40.4 
 
 		 250 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  37.37 
 
 		 215 aa  125  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.9 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 249 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.84 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 226 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.31 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 253 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 204 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.46 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  37.84 
 
 		 211 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.64 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.64 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 227 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  36.41 
 
 		 229 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 229 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 236 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.52 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.7 
 
 		 250 aa  108  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  35.64 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  34.03 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  36.93 
 
 		 231 aa  105  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  35.71 
 
 		 229 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  35.16 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  35.16 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1951  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 263 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2572  crpK, Fnr-type transcriptional regulator  32.99 
 
 		 263 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 262 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1230  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 263 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.29 
 
 		 228 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  35.16 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 235 aa  101  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  34.62 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0917  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 236 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.05 
 
 		 229 aa  99  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 253 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  34.71 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3610  hypothetical protein  31.07 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.43 
 
 		 250 aa  95.9  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 232 aa  95.1  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 274 aa  93.2  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.76 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 244 aa  92  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  30.26 
 
 		 244 aa  91.7  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  32.72 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  32.72 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.84 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 236 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 268 aa  89.4  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  30.43 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  29.57 
 
 		 244 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2772  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00275745 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30 
 
 		 244 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  29.8 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.95 
 
 		 263 aa  85.9  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 		 254 aa  85.9  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4433  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1987  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.57 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3844  cyclic nucleotide-binding protein  31.88 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>