More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2110 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  88.48 
 
 		 220 aa  408  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  84.09 
 
 		 220 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  81.19 
 
 		 222 aa  379  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  83.49 
 
 		 214 aa  377  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  80.28 
 
 		 218 aa  371  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  77.17 
 
 		 222 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  76.5 
 
 		 220 aa  357  9.999999999999999e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 239 aa  262  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 235 aa  214  8e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 240 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  49.05 
 
 		 230 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  49.53 
 
 		 234 aa  211  4.9999999999999996e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  50.69 
 
 		 232 aa  211  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  51.43 
 
 		 240 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 234 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 238 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  50.7 
 
 		 240 aa  210  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  52.4 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  51.44 
 
 		 240 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  56.7 
 
 		 239 aa  208  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  48.57 
 
 		 231 aa  207  7e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  51.98 
 
 		 237 aa  204  8e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  53.3 
 
 		 237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 253 aa  198  5e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 226 aa  191  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 255 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 255 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  46.3 
 
 		 258 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 255 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 255 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 238 aa  188  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 262 aa  188  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 233 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 250 aa  134  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  33.7 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 233 aa  99.4  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.83 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 235 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 231 aa  96.3  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 251 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  95.1  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 232 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 228 aa  92.8  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 229 aa  92.8  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 218 aa  92.8  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 229 aa  92  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 		 254 aa  89.7  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 226 aa  89  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 224 aa  89  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 240 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 245 aa  89  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 235 aa  88.2  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 239 aa  88.2  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  34.66 
 
 		 215 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 228 aa  88.2  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  88.2  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 215 aa  87.4  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  32.14 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 262 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  29.5 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  33.17 
 
 		 214 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 232 aa  86.3  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 214 aa  86.3  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  86.3  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 230 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>