More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3970 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 323 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  48.77 
 
 		 332 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  36.62 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 334 aa  239  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  30.07 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 322 aa  99.8  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 322 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 322 aa  99.8  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  25.28 
 
 		 318 aa  99.8  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 322 aa  99.4  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 324 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 325 aa  94.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 350 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  29.17 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 337 aa  93.2  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 321 aa  92.8  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 328 aa  90.9  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  26.6 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 326 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  21.27 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  23.17 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.64 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  43.66 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  20.63 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  22.68 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  27.14 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  24.79 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  23.89 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 321 aa  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  26.64 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  21.12 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  22.74 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  24.3 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.36 
 
 		 328 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>