More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1999 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 215 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  71.36 
 
 		 208 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.5 
 
 		 205 aa  297  8e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.35 
 
 		 208 aa  296  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.35 
 
 		 208 aa  296  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.35 
 
 		 208 aa  296  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  68.84 
 
 		 208 aa  295  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  66.33 
 
 		 204 aa  284  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  66.67 
 
 		 227 aa  282  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  64.32 
 
 		 204 aa  281  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.5 
 
 		 212 aa  274  7e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.5 
 
 		 229 aa  268  5e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  61 
 
 		 239 aa  265  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.5 
 
 		 229 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.5 
 
 		 212 aa  264  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  63.32 
 
 		 215 aa  263  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.42 
 
 		 218 aa  261  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  62.44 
 
 		 203 aa  259  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  62.3 
 
 		 204 aa  255  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.91 
 
 		 204 aa  255  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  59.31 
 
 		 222 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.39 
 
 		 208 aa  251  7e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.87 
 
 		 214 aa  246  3e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.38 
 
 		 219 aa  244  6e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.58 
 
 		 204 aa  238  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.07 
 
 		 204 aa  238  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.04 
 
 		 204 aa  214  8e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  50.75 
 
 		 204 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.48 
 
 		 203 aa  201  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.25 
 
 		 204 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  48.48 
 
 		 203 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  48.72 
 
 		 203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.48 
 
 		 203 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.94 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.43 
 
 		 212 aa  188  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.43 
 
 		 212 aa  188  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.55 
 
 		 203 aa  188  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  46.43 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.62 
 
 		 205 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.62 
 
 		 205 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.45 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  49.71 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 		 201 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.89 
 
 		 210 aa  169  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  44 
 
 		 211 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.44 
 
 		 203 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.78 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  44.28 
 
 		 218 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  43.94 
 
 		 221 aa  157  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.8 
 
 		 159 aa  156  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.81 
 
 		 211 aa  152  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.35 
 
 		 565 aa  141  6e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40 
 
 		 921 aa  124  7e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.87 
 
 		 1407 aa  124  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  38.46 
 
 		 1433 aa  122  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  41.04 
 
 		 1444 aa  121  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  36.27 
 
 		 1433 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  36.27 
 
 		 1433 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  35.75 
 
 		 1433 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  38.95 
 
 		 1435 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  35.75 
 
 		 1433 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  35.75 
 
 		 1433 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  35.75 
 
 		 970 aa  119  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  38.65 
 
 		 170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.18 
 
 		 252 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  40.72 
 
 		 1426 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.04 
 
 		 1397 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  35.48 
 
 		 1436 aa  111  7.000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  35.48 
 
 		 1438 aa  111  9e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  35.48 
 
 		 1438 aa  111  9e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  37.13 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40.44 
 
 		 616 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  38.22 
 
 		 181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.06 
 
 		 453 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  34.88 
 
 		 1442 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  37.57 
 
 		 1421 aa  108  6e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.82 
 
 		 462 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  34.34 
 
 		 578 aa  105  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  37.79 
 
 		 584 aa  104  8e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  35.35 
 
 		 590 aa  104  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  38.01 
 
 		 1367 aa  104  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  38.01 
 
 		 1367 aa  104  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  37.95 
 
 		 299 aa  103  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.29 
 
 		 921 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.63 
 
 		 715 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.72 
 
 		 769 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.88 
 
 		 449 aa  103  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.82 
 
 		 584 aa  103  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  34.97 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.84 
 
 		 463 aa  102  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.86 
 
 		 532 aa  103  3e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  32.35 
 
 		 707 aa  102  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.51 
 
 		 909 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  33.52 
 
 		 1437 aa  103  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>