153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0258 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0258  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.461765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2571  transcriptional regulator-like protein  78.43 
 
 		 321 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02424  hypothetical protein  29.07 
 
 		 179 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.23 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  24.54 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  28.26 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  23.37 
 
 		 296 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  21.04 
 
 		 327 aa  58.9  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  23.64 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  20 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  24.43 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  21.14 
 
 		 321 aa  57  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02423  transcriptional regulator  34.57 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  19.54 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.54 
 
 		 328 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  20.67 
 
 		 308 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 326 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 309 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  22.32 
 
 		 327 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  20.52 
 
 		 301 aa  55.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  20.67 
 
 		 308 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  23.25 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  23.75 
 
 		 304 aa  53.9  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 309 aa  52.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 320 aa  52.8  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 324 aa  52.8  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 302 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 306 aa  52.8  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  21.62 
 
 		 292 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 314 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 292 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  20.79 
 
 		 308 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  20.33 
 
 		 308 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 333 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  20.94 
 
 		 305 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  23.66 
 
 		 318 aa  50.8  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 297 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 300 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  23.6 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 309 aa  50.4  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  23.11 
 
 		 302 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  20.94 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 308 aa  50.1  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 308 aa  50.1  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0360  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  23.71 
 
 		 301 aa  50.1  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.132599  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  23.95 
 
 		 308 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.22 
 
 		 321 aa  49.7  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 295 aa  49.7  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 314 aa  49.3  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  23.24 
 
 		 333 aa  49.3  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 320 aa  49.3  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  21.45 
 
 		 321 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3107  LysR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 299 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454778  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  25.08 
 
 		 305 aa  48.5  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  19.83 
 
 		 319 aa  47.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  23.83 
 
 		 316 aa  47.8  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  22.29 
 
 		 308 aa  47.8  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 323 aa  47  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  24.2 
 
 		 317 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  24.36 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 312 aa  47.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 309 aa  46.6  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 303 aa  46.2  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0204  transcriptional regulator, LysR family  21.61 
 
 		 320 aa  46.2  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0533244  normal  0.505533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 307 aa  45.8  0.0009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  23.96 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  20.39 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  21.26 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>