More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3107 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3107  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454778  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 304 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 297 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1876  NodD transcription activator-related protein  40.27 
 
 		 227 aa  199  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  32.32 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.97 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 331 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.55 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 329 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  27.55 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  25.87 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  27.7 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 394 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.13 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.18 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 320 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  27.51 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  26.21 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 311 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 330 aa  113  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  25.6 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>