More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3644 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_3644  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 327 aa  641    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4573  Transcriptional regulator-like protein  34.23 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  0.0733806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2476  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.942555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3625  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6954  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105875  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1659  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.362999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7048  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0374  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.492908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6799  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.927236 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5933  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0593223  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  38.69 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  43.52 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  44.09 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  48.15 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  44.09 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  37.96 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  47.62 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  47.67 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  47.67 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  47.67 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  48.15 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  48.15 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  46.91 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  46.91 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  46.91 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  46.91 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.58 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  48.35 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  36.49 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  49.41 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4073  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0627  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.133406  normal  0.406767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  33.5 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3941  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 337 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140438  decreased coverage  0.00710998 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4827  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133031  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  36.36 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>