More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3110 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_3110  response regulator receiver protein  100 
 
 
141 aa  283  5e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.568252  normal  0.771305 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1226  response regulator receiver protein  34.96 
 
 
150 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915128  normal  0.471544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  34.82 
 
 
829 aa  70.9  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
630 aa  70.9  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
705 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.18 
 
 
462 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144471  normal  0.173796 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 
662 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
559 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
822 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1735  response regulator receiver protein  33.93 
 
 
119 aa  67.4  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
704 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 
810 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
727 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  34.51 
 
 
949 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
1651 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.75 
 
 
1036 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
707 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
727 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 
949 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 
1059 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
734 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.71 
 
 
785 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
732 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
942 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
795 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
926 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0693  response regulator receiver protein  35.11 
 
 
639 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000123693 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  33.08 
 
 
761 aa  65.5  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.93 
 
 
239 aa  65.1  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0260801  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.19 
 
 
472 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 
821 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.11 
 
 
235 aa  64.7  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  25.37 
 
 
236 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
1014 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  31.58 
 
 
507 aa  64.3  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
702 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 
1646 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
837 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.64 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1415 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 
812 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.34 
 
 
228 aa  63.9  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.82 
 
 
783 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  39.82 
 
 
783 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  33.33 
 
 
1427 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 
1011 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 
581 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  35.4 
 
 
611 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
727 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
1267 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  35.4 
 
 
611 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
1057 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1832  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 
245 aa  62.8  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.366424  normal  0.561636 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.85 
 
 
471 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0650247 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  35.4 
 
 
611 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
611 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  35.4 
 
 
611 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
943 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
809 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  35.77 
 
 
140 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
762 aa  62.4  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1631 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
803 aa  62  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.31 
 
 
811 aa  62  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
887 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
789 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
789 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
408 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
588 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.75 
 
 
450 aa  62  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
707 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  31.9 
 
 
573 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
589 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 
1426 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
1132 aa  61.6  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
688 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  34.51 
 
 
611 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
686 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21073  normal  0.829403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  36.36 
 
 
124 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0808  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  32.79 
 
 
226 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000531821  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  32.74 
 
 
541 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  32.74 
 
 
541 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4144  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  25.95 
 
 
477 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  39.09 
 
 
564 aa  60.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 
1036 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
1076 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1105  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.91 
 
 
475 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.926771  normal  0.835973 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  38.05 
 
 
128 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
1053 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
689 aa  60.5  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  38.05 
 
 
128 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.4 
 
 
453 aa  60.5  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
589 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
736 aa  60.5  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  33.91 
 
 
534 aa  60.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 
1105 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  33.87 
 
 
250 aa  60.5  0.000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
727 aa  60.1  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 
966 aa  59.7  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0308  two component transcriptional regulator  32.2 
 
 
239 aa  59.7  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>